めちゃくちゃ面白そうな事やりますね～
webオンリー開催します、同時にそのwebオンリー内の一部のエリアでプチオンリーも開催します、みたいな感じのわかりやすい告知をすれば問題ないんじゃないかな、と個人的には思います。
プチオンリーやってるエリアは敷地（入口辺り）にプチオンリー開催中の看板的なドット絵があると散歩してたまたま入ってきた人から見てもわかりやすいかもです

是非とも開催後の感想をここに書きに来てほしい…

ややこしいか、と言われれば、ややこしいな、とは思います。

ジャンル全体で20程度ならば、特定のキャラのオンリーを内包するのではなく、ジャンルオンリーで開催の方がシンプルですし、来場者も増えるかなと思います。
特定キャラやカプで配置を区切るのはピクスクのジャンルオンリーでもよく見る方法です。それではいけないのかなとは感じました。

ただ、主催者であるトピ主さんがキャラオンリーをやりたいというのならば、それでも構わないと思います。
一度ジャンルオンリーをやって、その後キャラオンリーを開催でもいいのでは？と思いますが、主催者の気持ちが最優先なのが個人主催の良さなので。

自ジャンルではいつも、ジャンルオンリーの中でプチオンリー開催者を募集しているので、カププチとかキャラプチとかいろんなプチが開催されてます。
賑やかになって楽しいです。プチが独立して、ジャンルオンリーとは別日に開催されるようになったりもします。
キャラオンリーの中でジャンルオンリーというのは大きさが逆転してて面白いですね。
その場合、キャラオンリーのキャラと関係なくても出ていいのかな？というのが心配になるかと思うので、主催は協力しあってるけど別ということにして、イベント名も別の名前をつけておくと会場を分けてもわかりやすく、参加しやすいかもです。