全七話で完結のシリーズもの（漫画）を描いたことがあります。内容もトピ主さんと同じようなCPもので、途中の話も楽しんでもらえるようにというのは私も意識しました。

＜まず全体を通してのおおまかな流れを決めたのちに、1つ1つの話のプロットを個別に作っていく
基本はそんな感じでした。私の場合は、ラストはどんなエピソードでくっつくのかを決めた後、萌えるエピソードをいくつかラクガキで描き出してみて、それを何話目に持ってくるのが良いか･･･という風に考えました。話の流れが自然な順に並べることと、CPものなので糖度の高いエピソードが後半に来るように。それと途中の1話だけわざと、CPがすれ違ってしまう話を入れて、雨降って地固まる感じにしました。
1話に1カ所は萌えポイントが入るようにすると、途中の話も楽しんでもらえるのではないかと･･･。シリーズものと意識しすぎずに「単発の面白い話」を何話か積み重ねていくようなイメージです。

＜最後までしっかり書ききるコツ
話の順に描くのではなく、描きたい場面や描きやすい場面を先に仕上げていました。極端な話、ラストシーンを仕上げてから、第1話に取りかかってもいいと思います。先に仕上がっている場面があると、それ以外は間を埋めていく感じになるので、少し気が楽です。

偉そうに書きましたが、理詰めで考えるより、パッとひらめいた萌え話のほうが喜ばれたりするので、あまりガッチガチに考えなくていいかもと思います。私はpixivに1話ずつ投稿して完結させたのですが、途中で「このエピソードも描きたい！」と思いつき、急遽1話増やした回があり、全体の流れから見ると少し齟齬が出ているのですが、その話が一番ブクマ数が多いです･･･。

おおまかな全体の流れと各話プロットを決めて、細部は実際書き進めながら面白そうな方に舵を切っていきます。
シリーズ物の書き方は以下の通りです。

①最初に、完結させる話数を決めます。
5話完結、10話完結…といった感じです。
きちんと終わらせられそうな話数に設定するのがミソです。

一緒に1話あたりのボリュームも具体的に決めます。
漫画だと何ページ、小説だと何文字という風に。
これはいつも自分が書いている短編のボリュームと同じにするのがオススメです。
挫折せずに書き終えられるので(笑)

②CPのふたりの年表を作ります。
この時期にこれして、あれして、こんなことがあって、最後はこうなる…という風に。
このときに書き込む出来事の数は、①で決めた話数分にとどめておいてください。

③年表の出来事を、それぞれの付箋に書きます。
付箋1枚が、1話分です。

④付箋を並べ替えます。
面白そうな話になるように並べましょう。
印象的な出来事を一番初めに持ってくるのもいいかもしれません。
もしそのお話が映画化されたとしたら、映画館で自分が寝ないような順番がいいですね。

⑤各話のプロットを作ります。
③で決めた内容に沿って、1話ずつ完成させていきます。
ここではシリーズであることを意識せず、単話でおもしろく仕上げることを目標にしてください。

必ず各話に数回、読者の感情を揺さぶるポイントを盛り込んでください。
胸キュンポイントというか、ニヤニヤできそうなポイントです。
クスっと笑えたり、絶望的な気持ちになる部分でもいいです。
感情のジェットコースターに乗せてやる〜！という気持ちで、頑張ってください。

こんな感じです。あとは各話プロットに従って、書くのみです。
参考になれば嬉しいです。