その漫画は存じ上げないので少しズレるかもしれませんが、艦こ○アニメとかですかね？

1ミリも創作関係ないやん。知恵袋使えよ。

それはそれとして昔はよくあったかも。最近はわからない。
逆パターンもあって、原作で死ぬキャラをアニメスタッフが「可哀想だ」って作者に無断で生存エンドにしたら後からメインストーリーに絡む重要回だったことが分かって急遽アニオリでころされたキャラもいるよ。
とりあえずアニメスタッフが好き放題に暴れる原作れいぷアニメは現実にある。

原作と違うけど旧鋼かな

本編で死なないキャラが劇場版で死ぬとかは特撮でよく見る

古くてすみませんがレイ◯ースやマン◯ン（最近のじゃないほうのアニメ)でありました

漫画とアニメ、劇場版とそれぞれで結末違うらしい（漫画は未完なのでわからない）作品もあるので、まぁゼロではない。
昔はOVAって形で地上波放送なしで作るやつもあったから、そっち用の展開を作るって形式も珍しくなかった。90年代は多かったかな～。
たまにそれで原作者とアニメ監督のありゃりゃ～なエピを小耳にはさむこともあります。

Xとか？
原作でもたくさん死んでるけど

死ぬタイミングを変更されたキャラがいたなあ……。前倒しで死ぬシーンを入れるくらいなら生存のままでもいいじゃないかとギャン泣きしました。

アニメスタッフも原作漫画作者も「まあすぐに打ち切りになるだろう」とアニメを漫画とは違う展開にして
死亡キャラもいろいろ違う設定にしてたら思いがけず人気作になったから
慌てて死亡させたりなんだりして設定揃えたってエピソードはあったらしい
無理くり揃えたのはそうしないと後出の人気ヒロインが出せないという理由だとか

スパ□ボでそういうのあるって聞いたな
逆に原作では死ぬけどゲーム内では生存ルートがあったり

的外れの変なコメントしちゃって消そうとしたんですが非表示にしちゃって消せない…ゴメンなさい。

ソシャゲですが、アプリ内ストーリーでは生き返ったのに、アニメでは死んでるキャラいましたよ

最近のだと某魔法少女作品の外伝作品アプリ
アプリは一応大団円で（アニメ化されたところまでは）プレイアブルキャラが新たに死ぬことはなかったですがアニメでバンバン殺されてしまって結末も全然違うものになってしまいました
外伝じゃない方からするとストーリーがぬるいって言われてましたが、理屈もまあ納得できて好きな結末だったので悲しいです。

『ANOTHER』原作・漫画・アニメでキャラの生死がそれぞれ異なります。
『アカメが斬る』一部キャラは原作で生存しますが、アニメでは死亡します。
『クロノクルセイド』原作では生還したキャラが、アニメでは死亡する描写があります。

ちょっとトピの主旨とはズレますが…
『火垂るの墓』作者自身は生存していますが、作中では主人公(作者自身がモデル)は死亡してます。
『ブラックホーク・ダウン』は原作では生存した兵士が、映画では死亡します。
『テルマエ・ロマエ』原作では死なないキャラが、実写映画では死亡します。

「ぼくらの」もめちゃくちゃ人が死ぬけど漫画とアニメの展開が途中から全然違っていて、最後に生き残るキャラが違いますね