>連載中の作品のジャンル人気が衰退すること

よっっっぽどの長期連載で無ければあまり無いと思います。あとは休載しがちとか…。ちなみに私が今いるジャンルは30巻に満たない巻数しか出てませんが劣化が酷く描き手がどんどん減っています。連載中なのに珍しいと思います。

>その作品で元々人気のあったカップリングの人気が数年のうちに目に見えて翳ることはよくあることなのでしょうか？

これは良くあることだと思います。人気が翳ると言いますか、新しく人気が出てきたカプに埋もれてしまうとか…あと人気カプは後から逆が流行り始めてそちらに人が移動してしまい、結果逆の方が主流になるとかジャンル末期あるあるです。

一度投稿

アニメ化などを最盛期とするなら、衰退はあると思いますよ。
特にアニメ終了～原作連載終了までは基本的に下がり気味です。
アニメから入った層が抜けていくからです。

アニメ化されてない作品でも中だるみだったり、より注目されている他コンテンツに移ったりといろいろあるんじゃないでしょうか。
人気漫画でも「◯◯のとこまでは神だった。」とか「最後は蛇足だったな」とは言われる作品も多いです。
途中でつまらなく感じたり飽きたりして抜けていくファンもいますから。

カップリングに限定するなら、原作の展開如何だと思います。
前コメの方のように、より魅力的なキャラ、カップリングの登場だったり、はたまた展開によってはカップリングが不仲になるストーリーがあったりもするでしょうし。