BもCもどちらもAの仲間で、3人は行動を共にしてるみたいな感じなら一冊にまとめても「ああ、あのグループの話ね。仲良いよね」で済むかもですが片方は敵対なんですよね？
やっぱり私個人の感覚としては分けといた方が無難な気がします。
いくらカプ戦争がない静かなジャンルだとしても内心どう思われているかはそれぞれにしかわかりませんし
どちらか片方だけが好き、もしくはもう一方は地雷という方もいらっしゃるかもしれません。
そういう方にとっては自分はBAだけが好きなのになぜCAまで押しつけられた上でCA分の金額も払わなきゃいけないの？とか
地雷CAも載ってるならいらない！とか
そうなる可能性もあります。

分岐シナリオとのことですからトピ主さんはできたら両方を見てもらいたいのでしょうが、そこは手に取ってくださる方の意思に任せた方がよろしいかと。
あれば共通パートをそれぞれの冒頭に載せて、BAとCAで一冊ずつ作り、
二冊セットの場合は100円引きみたいにすれば興味がある方は二冊セットのほうで手に取ってくれるんじゃないかな？

あと本にしろ、アカウントにしろ、R18要素が含まれる場合は悪いこと言わんから分けた方がいい。
R18要素は鍵垢で表垢は健全オンリーならカプごっちゃでも受け入れてもらえることが多い。
ただしどちらにしても完全固定で生産元を気にする人はアカウントを分けたところで気にするので、最終的にはトピ主さんのやりたいようにするのが一番だと思います。