キャラや関係性の掘り下げをせずに、書きたい話に自カプを当て嵌めるだけなのであれば、それはもう一次創作でやれば良いのでは…？と思ってしまいますね…。
トピ主様の文面ですと、まるで自カプでなくても構わない、という風にも取れますので(意味合いが違いましたらすみません)。
ただ、後者であっても書いているうちに必ず自カプの解釈は必要になってきます。例えばここはこういう設定だけど、Aはこんなこと言わないな…とか、Bだとこうするだろうな…とか。自カプに対する解釈の度合いで、物語の進み方に結構影響が出てくるんですよね。
自分の中でキャラの掘り下げが甘いと、途中で行き詰まって筆が進まなくなることもあります。
ですので、どちらにせよ自カプの掘り下げや解釈は必要だと思います。一度物語を書く前に、自分の中の自カプはこんな感じ、と曖昧でもいいので考えてみてはいかがでしょうか？

先の方も仰っていますが、まずは書きたい気持ちのままに、短くてもいいので話を書いてみたらいいですよ。
まずは今現在原作をもとにトピ主さんが抱いている各キャラへの印象をもとに、でいいのです。
話を書く中で、「Ａはこういう時にこんな返事をするだろう」という想像で言わせた台詞は、トピ主さんの解釈に基づくものです。
一回書き上げたものは一旦寝かせて、別日に読み返してみましょう。
どこかで読んだような話で、トピ主さんの好きなＡＢ以外でも話として成立したら、好きなシチュエーションにキャラを嵌めているだけの可能性が高いです。プロフィールや原作の言動から、ＡＢそれぞれについてどんな人物か掘り下げる作業が必要だと思います。そのプロセスを経た作品には、オリジナリティが出てきます。
願望を押し付けてしまい、原作のキャラから遠ざかっていないかも注意です。
（敢えて性癖としてそうする、と割り切れているならいいんじゃないかと思いますが…反響についてのリスクは伴います）
ちなみに、私自身はキャラクター解釈を７割くらい固めてから二次創作をするタイプです。

他にも色んなアドバイスいただくと思いますので、自分に合う方法を試行錯誤してみてください。
トピ主さんにとって二次創作が楽しいものなりますように！

私も字書きですが、上の方に同意します。
というか書いてみると、必ず自分の解釈を落とし込まないといけない部分にぶつかると思います。
例えば、犬猿の仲である二人（AとB）がくっつく話を書きたいと思ったら、Aがこういう行動をとったら、Bはこう考えるんじゃないかな？と考えます。
頭の中に筋書きができてるから書いてみた。なのにしっくりこない。原作があるなら読み返してみて、Bはこういう子だから、こういう行動を取るんじゃないか？と全く別の方向に舵取りしたらするする書けた、ということが私は結構あります。
自分の中でAとBの解釈が落とし込めてないと、解釈違いで自然と手が止まってしまうんですよね。
元ネタにない設定が前提なので、Bがどんな行動にでるかについて正解はないのですが、正解がないからこそ想像の余地があります。自分とは違う解釈だけどこの解釈は思いつかなかった、納得できる、という他人の創作も見つかるのも、二次創作の醍醐味だと思います。

字書きです。二次創作と仮定してお答えします。

他の方々と同意見です。書きたい話があるのなら、まずはそれをとにかく書き始めてみるのが一番です。
そうすると「あれ、このキャラがこんなことするかな？」と考える機会が出てきて、自然と解釈が深まっていきます。
「いや、きっとこのキャラならこうするだろう」と考えていくと最初に考えていたストーリーとは全然違うものになって、それがその作者独自の面白さにつながったりします。

私は最初、どうしても書きたいストーリーがあったのでそれを書き始めて、書いている途中で解釈を深めていきました（結局後々見返して当時の解釈が今の自分と違っていたので、非公開にしましたが）。
そのうちに段々と「このキャラのここだけはブレさせない」「このCPの関係性のここだけは、パラレル物であろうと揺るがない」等が定まってきます。

ただ1点付け加えておくと、世の中には原作キャラの性格は二の次三の次で、自分の書きたいストーリーに当てはめただけの二次作品もたくさんあります。極端な例だと、前ジャンルで書いた小説のキャラ名だけを変えて投稿する人もいます。その場合、いわゆるキャラ崩壊がおこります。

そして必ずしも原作の性格を忠実に守っているものが人気とは限りません。キャラ崩壊しているものの方が人気をとることもままあります。
例えば「周囲にいじめられて弱り切ったヒロイン（受け）がハイスぺイケメンの攻めに愛されて幸せになる」とか「攻めにこっぴどくフラれて毎日泣き暮らしていた受けに、フッたことを後悔した攻めが許しを乞う→溺愛」みたいな王道ストーリーは、どんなにキャラ崩壊していても一定の人気があります。

キャラ崩壊している作品を「こんなのもう一次創作でやれよ」と嫌悪する人もいれば、「所詮二次なんだからどれもキャラ崩壊に違いはないだろ。萌えればなんでもいいよ」と言う人もいます。
その辺は書き始めてから追々、主様のスタンスを決めればいいと思います。

ご質問にある
＞自カプの解釈を掘り下げて、自分なりの解釈をしてから小説を書けば良いのか、それとも書きたい話に自カプを当てはめて書けば良いのか
というのは、このスタンスの問題と関わることかと思います。

長々書きましたが、まずは書き始めてみてください。
そうすれば自然といろいろなことが決まっていくと思います。
よい二次創作ライフを！