■同人ゲームの商業化
割と有名な同人ゲームやサークルの法人化、商業展開を挙げていきます。
近年はsteamの影響で同人ゲームをそのままインディーズ販売することが出来るので、パッケージ版として法人販売する例は少なくなってきているように思います。

07th Expansion：ひぐらしのなく頃に（同人→商業）、うみねこのなく頃に（同人→商業）
TYPE-MOON：月姫（同人）→Fateシリーズ（商業）
上海アリス幻樂団：東方シリーズ（同人→商業スピンオフ）

黄昏フロンティア：ひぐらしデイブレイク（ひぐらしのなく頃に同人→商業）、東方萃夢想（公式）
渡辺製作所：MELTY BLOOD（月姫同人→商業）

チームグリグリ：コープスパーティー（同人→商業）
noprops：青鬼（フリゲ→商業展開）
talestune：収穫の十二月（同人→商業）
FLAT：キラークイーン（同人→商業）
ふぐり屋：その花びらにくちづけを（同人→商業）
SUBTLE STYLE：アカツキ電光戦記（同人→商業）
チーム欲求腐満：学園ハンサム（同人→地上波アニメ）
えーでるわいす：天穂のサクナヒメ（同人→商業）

■同人漫画が商業化した例
森薫：エマ（同人一次創作→商業、アニメ化）
相田裕：GUNSLINGER GIRL（同人一次創作→商業、アニメ化）
ONE：ワンパンマン（個人サイト連載→作画：村田雄介でリメイク商業）
村山慶：セントールの悩み（同人一次創作→商業、アニメ化）

ワンパンマンに関しては個人サイトなので同人誌ではないが、SNS普及前に個人発信から商業化された稀有な例。
TwitterなどのSNS普及後は、直接出版社が声をかける例が増えていますね。

■同人出身の漫画家
主に二次創作同人から商業作家になった人たちを挙げていきます。

ＣＬＡＭＰ：キャプテン翼同人→商業
高河 ゆん：キャプテン翼同人→商業：LOVELESSなど
枢やな：テニプリ同人→商業：黒執事など
羽海野チカ：スラムダンク同人→商業：ハチミツとクローバーなど
よしながふみ：スラムダンク同人→商業：大奥など
天野こずえ：ドラクエ同人→商業：ARIAなど
ヒロユキ：Fate同人→商業：アホガールなど
冬目景：同人→商業
あずまきよひこ：同人→商業：あずまんが大王、よつばと など
冬川基：あずまんが大王同人スカウト→商業：とある科学の超電磁砲
折原みと：同人スカウト→商業

■その他
ブロッコリー：ゲーマーズ運営会社。元は同人イベント主催からスタート。
GAINAX：エヴァなどのアニメ会社。元は同人アニメサークル。