時と場合と人によります。

トピ主さんは周囲の人などの話から二次創作はグレー、ほぼ黒、だから完成本1冊渡せばいい…と考えていらっしゃるとのことですが…
たしかに二次創作で依頼・お金が発生するのは～という考え方はあります。実際それ自体は間違いではありません。
なのでみなさん「表向きには」「そういうこと」にしています。している方が多いです。表向きには。
（もちろん、公式がはっきり二次創作に関するお金のあれにれに言及しているジャンルは除きます。まあそういうジャンルはそもそも二次創作自体厳しい場合が多いですが）

ただ、それは表向きの話なので裏では現金ではないにしろギフト券や菓子折り、その他色々それなりのお金が動いている場合が多いです。
もちろん基本的に表には出しません。二次創作では特に。

トピ主さんがわざわざ投稿文に「そういうこと」を書いていなかっただけでそのことを理解しているのならいいのですが…
「そういうこと」を一切察っしないで表向きの情報をうのみにして「二次創作だから金銭的なものはダメ、同人誌1冊渡すだけでいい」という考えなのだとしたらそれは少し危ないかもしれません。
日本人の二次創作文化ではそういう表向きと裏向きの部分、誰もはっきりと言ってくれないから自ら察っしていかないといけない部分が多いので…

まあ一番上に書いた通り結論は時と場合と人によるというのが一番ですが…
有償依頼募集は二次創作では黒・グレーゾーンという認識自体はおかしくない、それにもやるのもおかしくないしそういう世界で堂々と有償依頼を募集する人は少し危ないというのも確かです。
が、それはそれとして二次創作の表紙依頼を本当にみんな無償でやっているかというと「表向きはそうなっている」場合は多いがそれはあくまで表向きの話、ということです。

全般トピ主さんのおっしゃる黒寄りのグレーというのは理解・前提の上のコメントです。
うーん、これ難しいですよね。価格にはよりますが、よく言われる「手間賃」なのかなと思います。あとは電気代とか。
よくあるトラブルは、無償にすると図々しい要求ばかりが舞い込むということ。そして依頼を受けた側も、最悪ブッチできてしまいます。
そのためお互いが節度と責任を持つためにも多少の金銭は必要なのかなと思います。
とはいえ個人的にはオンラインギフト(カフェ一杯分とか)の謝礼がさっぱりしていて、なんとなくいいなと思います。
まあただ、有償でうけます！と公言したりはちょっとなあ…と思うところも。あくまでも水面下でそっとやるのが要らぬトラブルも呼ばず良いかなと。