>パクリと言われたら反論は難しいほど作品Ａに似た要素が強め

これはただのパクリ、泥棒です。作品が良かろうが何だろうが実力ではありませんので、事実を知った時点でそういう目でしか見れなくなるでしょうね。気持ちが冷めてしまい感動出来なくなると言うことです。
私はユルパクならパクリ認定しませんが、たとえユルパクでも何回もパクっていたら確信犯ですからね。
ましてや露骨にパクってたら、ただの泥棒ですよ。

ただし…

>③Ｂ作者がＡ作者に事前に「設定に萌えたので自作でも使いたい」と相談してＡが許諾し、Ｂ作者は作品Ｂ公開時に「作品Ａの設定に萌えたので、Ａ作者に許可を得て書きました」とカミングアウトした場合

この場合はパクリとは見なさず一つの別作品として読ませて貰いますし、素晴らしければ素直に感動するのだと思います。

①については、「パクリである」と確証を得られた場合（たとえばＡ作者から「承諾もなくパクられた」と相談を受け、かつ自分で見ても明らかにパクリと思われる内容だった場合）はＢ作者の作品は二度と読まなくなると思います。
萌える内容だったとしてもパクりだという意識が強くあるので、萌えません。A作者には気の毒だと思います。ただ気の毒だから作品Aを高く評価するか、と言われればそんなことはないので、「気の毒だなあ」と思うだけですね…。
あと①のケースはA作者が「パクられた」と声を上げなければパクリだと気づかないかもしれません。余程特殊な設定などでないと「どっかで見た話だなぁ、まぁこういうのが流行ってんのかな」でスルーしてしまう可能性大です。その場合は気づいていないので、普通に作品Bをブクマしてしまうでしょうね…。

②は「え、事後承諾？」と感じます。ただ実際にどういうやりとりが交わされたかは当人同士にしか分からないので、なんとなく釈然としないながらも読むと思います。自分が同じジャンルで創作していたら、B作者を要注意人物とみなして交流を避けるかもしれません。A作者に対しては特に何も思いません。

③はまったく問題ないと思います。仲がいいのかな～と思うだけなので、作品自体も楽しみますね。そういったケースは結構見かけますし、お互いの作品を嬉しそうに紹介し合っているのをみると「交流も悪いことばっかじゃないんだな～」と勝手になごみます。