ジャンルによります。
二次創作ガイドラインを出していたりあからさまに公式が同人文化を意識していたりするジャンルの人は公式アカウントをフォローしているパターンが少なくないです。
といってもやっぱり界隈によるのでそのジャンルの人や公式の動きをしばらく観察してみるのが一番です。

好きなようにすればいいんじゃないでしょうか？
どのジャンルでも二次創作者が誰一人公式をフォローしていないなんてことはないと思いますし、その辺りは本人の裁量次第でしょうから。

二次創作同人は自分マナーを押し付ける人が多いんであまり気にしなくていいと思います。
さすがにフォローしてるだけで個人攻撃までしてくる人はいないでしょうし。ただ他にもっと気に障るような言動行動があって、それを糾弾するついでにあいつは公式もフォローしてて隠れる意識がないし……と批判されることはあるかもしれません。

公式側が二次創作を把握してないとは思ってませんし、フォローやRTしたからといってアカウントをチェックするわけもないと思っています。
でも私は腐の18禁扱うアカウントなので自分ではフォローしないです。
ただ同じような方が公式をフォローしていたからといってどうこう思うこともないです。いやでも正直ちょっと心の底ではやっぱりどうなの？って思って関わりたくないなと思います。

界隈によります。
積極的に検索避けなどをしている界隈では控えた方がいいかもしれません。私もそのような界隈にいるのですが、正直捏造マシマシの二次創作垢で公式をフォローしてる人を見ると正気か？と思います。

ジャンルによります
公式がガイドラインを出していて二次創作に寛容なジャンルにいますが、普通に公式のアカウントをフォローしてる人が多いですし、全体的にオープンな雰囲気を感じます
公式がガイドラインを出していなくいグレーなジャンルでも、オープンなところはオープンだったりしますね

別にしてもいいと思いますよ
というかリツイートキャンペーンとか感想キャンペーンやってる公式もあるし
公式からしたらフォロワー増えた方がいいのでは…
二次創作を見られたくないなら別垢や鍵にするしかないけど
見られていいならいいんじゃね
検索避けしようが基本公式の人って見てるからね
大手企業でも元同人作家もいるし