原稿お疲れ様です。
一作目に長編を選ばれたのですか。それは大変ですね。
どれぐらいのページ数なのかわかりませんが、長編ということで仮に８０ページとしましょうか。
初めての原稿で長編は全くお勧めできないのですが、もう着手されてらっしゃるのでこの方法はいかがでしょうか？
１、まず区切りましょう。８０ページだとしたら、２０ページ×４、もしくは１０×８でもいいです。
２、区切りに向かって原稿を進めます。区切りごとに締め切りを決めておくこともお勧めします。
３、描き終わった区切りは振り返らず、次の区切りまで描きます。これを繰り返します。

ここからは喝です。
一番最初の原稿に長編を選ぶというスレ主さんのパターンは実はよくあるパターンです。というか、長編が一番思いつき易いです。１６〜２０Pで完結させる方が難しいです。
すみません、話が逸れました。
それを完成させられない人が体感として８割です。いや、９割かな。それぐらい長編は難しいです。思いつくけど完成までの労力がすごく大きいからですね。

スレ主さんが作画を直してしまうのはまさに”長編が完成しない落とし穴”の典型パターンです。
完成が遠いからその間に画力も上がりますし、描いてみたい構成も閃くし、描きたい表情も増える、で、それを後から手直ししたくなるんです。
スレ主さんがストーリー重視で進めたいとおっしゃっているので、きっと頭の中には素晴らしいストーリーがあるのでしょう。でも、作画が進まない、直してしまうのはストーリーがイマイチ、もしくはストーリーを詰め切っていないのだというのをスレ主さんが一番わかっているのではないですか？ストーリー重視といいながら描き直してしまうのは、ストーリーが出来上がっていないのに作画の直しに逃げているのではないですか？
長編を書くときに最も邪魔なのは「完璧主義」です。長編どころか、創作自体に邪魔です。

私も偉そうなことを言える立場ではありませんが、スレ主さんのように「描きたいものがあるけど描き直しちゃって完成しないんだよね〜」「頭の中にはできてるんだけどね〜」と言っている人を多く見てきました。その人たちの頭の中にはきっと素敵なストーリーがあったはずなのに、完成の日の目をみることなく消えてしまったと思うと勿体無いです。ですが、その完成しなかった物語は形を変えて誰かがいつか描きます。私は私の考えた物語を誰にも描かせたくなかったから自分で描き完成させました。

二次創作長編なんて、ジャンル熱が冷めたら二度と着手しませんよ。熱は刻一刻と冷めます。スレ主さんには悠長に描き直している時間などないのです。