私はクリスタでラフ、下書き、ペン入れ全てカブラペンです。アナログなら当然使い分けますが、デジタルで描く場合は同じペンで全部描いちゃいます。私は使い分けしなくても気にならないです。人によると思いますが

ラフと下書きは鉛筆系で、線画はGペンです。自由でいいと思いますよ〜

私もラフは鉛筆、線画はもともと入ってるGペンです。
前はカブラペンを使っていたりといろいろ試しています。
輪郭はGペンで髪の毛は丸ペン…と使い分けています。