漫画は漫画カテで上げますね。
漫画をイラストカテで上げると、イラストを見たい人が「あー、漫画かあ」となってしまうのでは？と思うのですが…主さんはどうしてイラストカテを使われてるんでしょう？
言葉がきつく聞こえたらすみません、攻撃したいわけではないです。

私は1枚2枚読切漫画しか描けないので他のイラスト共々イラストカテゴリに入れてます。

ストーリーとして繋がる漫画なら漫画にしても良いと思います。

私も支部の運用を思案中なのですがご参考までに。

漫画なのにイラストであげる理由がわかりません…
自分は支部の初期から使ってますが、漫画カテゴリができてからは1ページ漫画でも必ず漫画でアップします
逆にイラストカテに漫画をあげる理由を知りたいです…

イラストと漫画の混合ログなら枚数が多い方に合わせるかもしれません。
ただ、漫画だけ、イラストだけのほうが見やすい（気がする）ので、分けてそれぞれのカテゴリで投稿してます。

漫画ばかり描いていますが、支部のトップページから検索かけて最初に出てくるのが「イラスト」なので「イラスト」で投稿してました。(スマホブラウザで見てます)
でも漫画を読みたい人は「漫画」を探すだろうから無意味な配慮だったかもしれません…

「(原作名) or (腐向け) or (夢向け)」でタグ検索して、漫画ジャンルで検索をしている民なのでイラストの方は全く見てない...
1枚でも漫画は漫画の方で投稿してほしいです

どちらでも特に問題ないと思います。
私もまったく気にせずイラストと漫画が混合のログや本のサンプルなどもずっとイラストカテゴリで投稿していました。
検索でカテゴリ別に見ることもないため他人の投稿がどちらなのかも全然見てませんでした。
もちろんカテゴリに沿った内容の方が適切なのかもしれませんが、個人的な意見では違っていてもたいして困りません。