全体的に上から目線な言い方になっていたらすみません。

漫画プロットの話になりますが、プロットをしっかり作らなきゃ！と思い込みすぎるのも、よくないんじゃないかなと思いました。漫画のプロットはあくまでも仮の要約なので、最終的にプロット通りの話にならなくていいと思います。
文字起こしのプロットと絵コンテのネームでは受ける印象が全然違うし、進めているうちにこのシーンはこの方が良いなとかやっぱりこうしようとか、改良を重ねていくものなので、プロットをガチガチに固めてしまうと柔軟に変更できません。

だからトピ主さんがもし、プロットを完璧に仕上げないと先に進めないと思ってこのトピを立てたならあまりプロットのこと気にしない方がいい、むしろネームから始めも問題ないかと思います。
私は普通のメモ帳ツールにあらすじを書くだけにしてます。文語体、口語体問わずアウトプットしやすい言葉で、たまに箇条書きにする時もあります。箇条書きにすると出来事の順番を入れ替えるのが楽です。

あと起承転結に、「当てはめる」という感覚も難しくしてる要因かなと思いました。ここまでは起、ここからは承、というようにはっきり分ける必要はないです。なんとなく流れがあって、ここから承にあたるかな、くらいでいいのではないでしょうか。
起承転結にしにくい場合は、例えばまず主人公がどういう結果になるストーリーなのか（結）その結果を得たいと思ったきっかけは何か（起）きっかけから結果を得るまでにどんなプロセスがあるか（承転）の順番でストーリーを整理するのもアリです。起と結がハッキリしていれば、「話を一言でまとめること」もクリアできるはずです。

トピ主さんはすごく真面目な方だなって印象を受けました。
プロットはスマホに最初から搭載されているメモ帳だけでテキトーに書いてやってますが、それで十分創作できてます。

お話を分割してプロットに書き起こす作業は、もう十分すぎるくらい出来る方だとお見受けします。
なのでプロットの書き方云々よりも、お話に対する興味関心を深めていった方がいい気がします。
具体的に言えば、面白い作品に触れて、それがなぜ面白いのか、好きなのか考える機会を増やすって感じですね。

どうしてもできないことの三点
・起承転結に当てはめること
・ネタを掘り下げること
・話を一言でまとめること
これらは巷にあふれる商業作品を分析すれば練習できます。
トピ主さんは好きな映画はありますか？好きな漫画やアニメ作品などはありますか？あるのなら分析しながら見てみてください。

ほとんどの商業作品には起承転結があり、特に人気の高い作品（万人受けする作品）は明らかに起承転結がある場合が多いです。
なぜなら、色んな方が見て理解できる作品だからこそ人気になるので、「わかりやすい話」が人気になりやすいからです。

ためしにトピ主さんの好きな作品。映画、アニメ、漫画、なんでもいいです。
・作品の展開を起承転結で区切ってみる
・その作品で特に面白いと感じるシーンはどこか考えてみる
・話を一言でまとめてみる
特に完結している作品がおすすめです。やってみてください。

あなたが面白いと感じるところは、あなたが持つ感性の大事なところです。
あなたの創作だけに宿る、あなただけの特別な魅力に繋がる部分です。
それを面白いと思うあなたの心を大事にしてください。

そうして好きな作品を何回か分析した後、今度は自分の作品で試してみてください。
以前よりは起承転結はどこか見えてきて、話を一言でまとめやすくなっているはずです。
そして、あなたの好きな展開、こだわりはネタに繋がります。好きなネタなら掘り下げるのだってきっと楽しくなりますよ。

楽しく創作する事が、なによりもトピ主さんの創作を豊かにしてくれるはずです。

トピ主さん、かなりしっかり下地作りされてるなと思います
その上でできない３つをどう解決できるか自分なりに考えてみました

・起承転結に当てはめること
上の方もアドバイスされているように既存の作品の分析が一番近道と思います。
短くてもエンタメ的に面白い作品には起承転結が含まれているので、起承転結を意識した100文字程度のあらすじにまとめてもいいかもしれません

・ネタを掘り下げること
これは色々な映画やマンガ、小説を見て、自分の中にエピソードのサンプルを溜め込むしかないかなと思います

・話を一言でまとめること
あらすじを詰める前に、先に一言でまとめてみてはどうでしょうか？
「○○が××する話」(できれば自分が読んでみたくなるような一文にする)を作って、それに肉付けをしてあらすじを作るイメージです。

何か参考になるところがあれば幸いです！

話は終わりから考えると「こうなる話！」って一言で言える話に収束しやすいですよ
「カプが仲良くなる話！」とかそんなんで

起承転結の場合、起から結の間には何かが変わっていたり結論が出ていたりすると「話！」という感じになります
あまりあれもこれもと詰め込まず、シンプルな方がいいです
結は物語の目的なのでそこがぶれると何を書きたい話なのか分からなくなります

まずは「仲の悪いカプが」起、「仲良くなる」結、みたいな大雑把なので構わないです
それだとぼんやりして掴みにくいのでエピソードを追加するのではなくて結の解像度を上げます
漠然と仲良くなるのではなくて、友達から少し関係が進むとか仲は悪いけど取り敢えず名前を呼び合うくらいにはなった、とか、「仲良くなる」話ならどのように仲良くなって欲しいかを考えます

承転はこの起から結への変化の為に存在してると思ってください。取り敢えずそれ以外は不要な部分です
大量に承が必要な場合は起から結に距離がありすぎるので、エピソードを分割して今回は第一話にするくらいに割り切った方が良いです
起を結にするために不要な部分は基本的に消化不良になりがちなので別エピソードにリサイクルするといいです

転が大事で、ここで結に結びつけられる逆転劇やひらめきや必殺技やエ口な展開を挟みます
そういうと大事ですが、「えちが超よかった」とか「共闘してシンパシーを感じた」とか「ついに爆発して殴り合いの大喧嘩をした」とか「好きな食べ物が一緒だった」とか、なんかそんなんでいいです
ここのアイディアがいいほど面白くなります

承は転のための説明や伏線張りなので、ここが丁寧だと分かりやすい話になります

このトピ凄く参考になる…
漫画描きです。フェイク有り且つ私の例なのでアドバイスになるかわからないのですが、私の場合は起と途中の一場面を思い付くことが多いので、思いついた場面をとっかかりにして、何とか結を捻り出します。

例えば、

起:受けが闇オークションに出されてしまった
承または転:受けを取り返す資金を稼ぐ為に怪しい仕事に手を染める攻め

ここまで思い付いたとします。
この時点で間のエピソードはひとまず置いておいて、もしこれが映画やドラマだったら、という場合のあらすじ説明文と、結を考えます。

あらすじ
例:受けが闇オークションに出品されてしまった！落札本命は黒い噂のある有名富豪。受けを取り戻すにはオークションで競り勝つしか無くて…
怪しい仕事に手を染める攻め、捕らえられた受けも脱出を試みるのだが…。
攻めは受けを救出できるのか！？

このようにあらすじを描き始めると、意外と途中の展開も大きな流れはすんなり出てきます。

あらすじが出来たら結です。
このあらすじなら、
①攻めが資金を集めて受けを救出。受けは攻めの愛を感じラブラブエンド。
②受けが自力で脱出。逞しい受けに惚れ直す攻め。
③攻めが受けを落札できるが怪しい仕事の足が付いてオークション関係者から追われる羽目に。2人で逃亡エンド
④攻めは受けを救出できず受けはモブに落札されてしまうバッドエンド。
などでしょうか。

ここまで出来ればあとはあらすじや結の大枠から細々したエピソードを作り、話が繋がるように埋めていく作業なので、話が散らかったりすることはまずなくなるかと思います。
逆に言うと、細かな話を考えてから一言で表すのではなく、「一言で表す」というのを先にやってしまうイメージですかね。

私の場合、結が思いつかないものは作品にしないと決めているのですが、その甲斐あってか「オチが綺麗だった」「オチが凄くて何度も読み返しています」と言っていただけることが多くなりました。

これらの作業ツールとしては私はメモ帳を使ったりその時々によって違いますが、頭の整理にはマインドマップを使ってみると良いかもしれません。

マインドマップで検索すると色々とツールが出てきますので、使い方もあわせてご覧になられると参考になるかと思います。

プロットがしっかりできた作品はお気に入りの作品になるので、トピ主さんがご自身で納得できる作品を創作できることを願っています！