突き放すようで申し訳ないんですが、トピ主様ご自身の御本ではないですし、トピ主さんが好きな感じのデザインではなくてもそこは何も言えないかな…と思います。
トピ主さんが微妙と思うデザインでも、御本を出されるご本人としては好きなデザインなのかもしれません。
ですので「デザインが微妙になってしまうんだけど、どうしたらいい？」などご本人から特に相談などされないようでしたらそれ以上何もできる事はないと思います。
本当にお仕事みたいで苦痛かもしれませんが、トピ主様はイラストをご提供するだけの役割というか。
いつも同じ人からお願いされているのかなど文面からだと読み取れなくて申し訳ないんですが、あまりにもストレスになるようでしたらいつもデザインを微妙にされてしまう方からのご依頼は今後はお断りしてしまってもよいのではないでしょうか。
楽しくできるはずの同人活動で、モヤモヤを抱え続けるのも大変だと思います。

表紙の依頼をした側の人間からの意見になります。
私は依頼前に、完成したイラストにこちらで手を入れる場合があることを事前にお伝えしています。例えばイラスト完成後、他のデザイナーさんに作ってもらったロゴデザインを加えるとか。描いてもらった絵に他人の手が入るのは、小説だと自分の書いた文章を勝手に書き換えられるものと考えているので。
ただここまで依頼前に言い添えるのが一般的かどうかは私も分かりません。

字書きの方はデザイン苦手という方も多いですし、一度トピ主さんがデザインもやれる事をアピールしてお相手の反応を見ても良いのでは？と思いました。
あるいは表紙の進捗報告時にこんなデザインどう？とデザイン案を提案してみるとか。

・依頼する側のとき
事前に仕上がりイメージを共有し、トリミングや文字乗せ等の加工の許可を取っています。
また、途中で絵師さんにチェックしてもらい、相手が気になる点があれば修正してから入稿しています。
(一般的かは分かりませんがトラブル防止のために丁寧に依頼しています)

・依頼される側のとき
どのように使われるのかを訊いて確認しています。
内容に応じて見積りを出し、その条件で合意を取ってから制作しています。
正直微妙な使われ方をされることもありますが、ヒアリングや見積りの段階で予測済なのであまり気になりません。

＞みなさんなら何か言いますか？
言いません。
自分が依頼する側であれば絵師さんの意見は聞きたいですが、他の依頼者にも当てはまるとは限らないので控えています。
依頼されるときは、作品が雑に扱われる可能性や相手のコミュニケーションに難があるなどモヤモヤしそうであれば断る場合もあるのですが、金額を上乗せして受けることもあります。
「蓋を開けてみたらヤバかった」はメンタルに負荷がかかりますが「ヤバいと予測した上でそれなりの報酬を貰った」は事前にヤバさに関しての諦めが付いているのでメンタルを守れます。