例えばシリアスな雰囲気のものなのに突然ギャグが入ってきたら、読者は雰囲気に浸れずにどういう感情で読めばいいのか迷ってしまうと思います。
もちろんギャグそのものを否定しているのではなく、ギャグ漫画はギャグなどのスタイルを徹底するから面白いと思っております。

ギャグを入れないと〜と言ってきた人とはきっとただ好みが違うだけだと、切り捨ててしまって大丈夫だと思います。
私もストーリー重視で構成することに興味があり、またお話などを考えることが好きです。
上手く伏線回収や繋がりが綺麗なお話が出来ると本当に気持ちいいですよね。
その為にも作風やテイストは一貫することを心掛けています。

トピ主さんのご自身の作品のスタイルを信じて物作りをすることで、きっと素敵なものが出来ると思っています。

人様の作風にあれこれ言うのもなんなんですが、バカバカしいギャグで笑わせるのではなく、和ませるワンシーンを入れてはどうでしょうか。ストーリーというか、シリアスもののことを言ってるんだと思います。

これは感性の問題なんですが、シリアスな作品さとしても最初から最後までシリアス一本だと読んでる側は息が詰まってしまいます。合間に相反する要素があってこそメインが引き立つものです。同時に、最初から最後までパラ読みされることなく読者をひきつけるような話作りは豊かな感性が求められます。

スイカの塩、塩大福の塩味のようなもんです。同人は趣味といえどクリエイティブなものです。自分の守備範囲で思い通りのものを作るのは簡単なことです。しかしどうせならいろいろやってみたほうが面白いものができると思いますよ。

その方がどういう意味で「ギャグ」という単語を使ったのか気になります。
ユーモア、ジョーク、ギャグって微妙に意味合いも違ったりするのですが、そのへんを一緒くたに「ギャグ」と言っているのではないかな、と。
ちょっとクスッと笑えるシーン、例えば電話中にちょっと子供から目を離したら頭からバケツを被っていた絵面だとか、天然系のキャラがボケたこと言うので思わずツッコんでしまうとか、そういう笑いがあった方が緩急もあり、良い香辛料にもなるのではないか、という話であれば個人的には賛成です。

ただトピ主さんは飽くまでシリアス路線でストーリー展開したいということなので、その方面についていくつか。

作品には系統・ジャンルという定義があるかと思います。
アクション、ゆるふわ、カッコイイ、セクシー、コメディ、専門知識、冒険、恋愛、サスペンス、ホラー、スポーツなどなど。
創作の基本として、そういった材料からいくつか選んで組み合わせ料理を作るイメージが定石です。

たとえば終始シリアスにするにしても冒険＋カッコイイ＋ホラー、など。
そして若者受けしやすいのはやっぱり、カッコよさやセクシーさなどの要素を入れることかな、と。
（逆に専門知識系なんかは大人受けしやすい要素だと思います。）
ターゲットが一般層の若者ということで、オタク系が好む萌キャラ路線は逆効果でしょう。
恋愛要素を入れてみるのは鉄板かも知れません。
もし作品にまだ要素を足す余地があるなら、ギャグではなく他にも一般受けしそうな要素を足してみて下さい。
差し込むだけなら、閑話休題な小話的に足すのも良いかもです。
　
　
そしてストーリーものは「読むと面白い」のですが、まず「読ませる・手に取ってもらう」ための工夫が同時に必要だったりもします。
そのため表紙やタイトルなどを分かりやすくしたり、逆にインパクトあるものでまず手にとってもらうことを第一にしたり、そのへんの工夫はやったほうが良いかと思います。

　
あとやはりストーリーにひねりや驚くオチだったりどんでん返しがあると「他人に勧めたくなる」作品になります。
発表媒体が何なのか分かりませんが、そういった口コミを狙うためにも「あっと言わせるシーン」などがあると良いのではないでしょうか。
私はシリアス系映画、特にSF作品は好きなのですが、そういう意味では猿の惑星、セブン、コンタクト、メッセージ、シックスセンス、ミスト、鑑定士と顔のない依頼人、ノウイング、エンダーのゲームなどはオチやどんでん返しが素晴らしいものでした。
個人的には、ひねる箇所が２回くらいある作品が好きです。
上記で言うと鑑定士と顔のない依頼人、コンタクト、ミスト、セブン、あたりでしょうか。
参考になるか分かりませんが、興味あるようなら見てみて下さい。