クリスタにデフォルトで搭載されている柔らかというエアブラシで色を追加しました。
覆い焼き（発光）で時計部分と手前歯車にオレンジ、遠景の湖に水色、女の子に紫を追加
オーバーレイで女の子にピンク
乗算で女の子に赤みがかった紫を追加しています。

女の子が逆光だったので、後ろの時計に意味があるのかと思い、時計の主張が強めです。
全体的に紺色で統一されていたので、女の子を目立たせるために紫を置いています。
紫を選んでいるのは、意味のあるモチーフであろう時計の黄色と補色関係にある色だからです。
また、奥の湖に水色を追加しているのも、時計の分裂補色を置いて、時計を目立たせるためです。

大体色を置く時は、何のモチーフを重要視しているのか、一番目立たせたいモチーフは何なのかを意識しつつ、補色などでどこを強調するか決めて色を決定しています。
色がなじまない時は中性色（寒色でも暖色でもない、間の色）の緑か紫を置くとなんとなくいい感じにまとまります。
喧嘩しやすい色の仲裁役だと思っておくと便利かもしれないです。

あと、キャラについてでしたら「人を惹きつける技術 カリスマ劇画原作者が指南する売れる「キャラ」の創り方」がおすすめです。
メイ○インアビスのつく○先生もおすすめしてましたよ。

いじりすぎたかな…？
結構雰囲気が変わってしまい、お気を悪くされたら申し訳ないです。
全体的に暗くて色が足りない感じがしたのでそこを補いつつ、女の子の顔が目立つようにしてみたつもりです。

（背景）
全体的に明るさと彩度を上げ、色味の少なさが気になったので明るいところに青緑っぽい色をオーバーレイで乗せました。
また、水面に反射している時計ですが、薄明かりの中である＆女の子を目立たせたいので薄くしました。
時計は光りそうなところにオーバーレイで濃いめの黄色をエアブラシで乗せました。

（女の子）
背景と同系色になってしまっているので（これはこれでいいとも思いつつ）、グラデーションマップとオーバーレイで色を補強しました。（特に髪の色味が抜けて見えたので黄色くしています）
光源の位置がはっきりしないので、水面の反射光と時計からの光ということにしてハイライト位置を修正し、反射光を入れました。
顔のハイライトが消えたことで印象が弱まったので、瞳の描き込みを加筆しました。
また、複製レイヤーから女の子のみ切り出してさらに複製してガウスぼかしをかけ、透明度ロック→背景のいちばん明るい色で塗りつぶし→オーバーレイに変更して、背後からうっすら光ってる感じの縁取りを入れています。

（仕上げ）
全体のコントラストを調整したり、グロー効果を入れたりしています。

たぶん塗る時に全体の調和を考えながら色を選んでいるのではないかと思いますが、色調補正での修正を前提にレイヤーを分けて塗り進めて、ある程度塗ったところで色をいじっていくほうが楽だと思います。
また、仕上げの時点でも背景、時計、女の子のレイヤー（もしくはフォルダー）くらいに分けておいたほうが調整しやすいです。
色調補正の時は「編集＞色調補正」ではなく「レイヤー＞色調補正レイヤー」のほうを使うと、調整しやすいのでオススメです。

色選びで悩んでいるとのことですが色使いとても好きです！なので色を変えずに光や影の付け方を変えたり描き込んだりしてみました
自分だったらこう描くというだけですのであくまで一例としてお願いします

変えた部分は具体的には
・逆光ではなく上から光を当てる(鼻の上の光がかわいかったので…)
・瞳にはっきりしたハイライトを足す
・スカートの色を明るくして皺を足す(スカートの皺が個人的に好きなので…)
・歯車のコントラストを強めにして主線を引いたり反射光の青を足して背景と馴染ませる
です！

金属類は自分も苦手なので正直下手なんですが…色を変えなくても描き込み次第で大分印象が変わるということが伝わればなと思います

かわいい絵ですね！

背景の時計よりもキャラが目立つように調整してみました。
キャラの髪の毛とその部分の背景の明度が近く、キャラが溶けてしまってる感じがしたので、もう少し下の方まで背景を暗くしました。
こうすることで頭のシルエットが見やすくなったかなと思います。
(背景に人物が溶け込むような色合いの絵もそれはそれでいいと思うので、あくまで一例です)
また、時計もキャラより彩度が高くならないように調整しました。
時計の質感ですが、針やフチの部分などの細部にハイライトや強めの影を少し入れるなど、ちょっとの手間でも硬さが出るかなと思います。

キャラデザについて、書籍などはあまり持っていなくこれといったものはおすすめできないのですが、仕事でソシャゲのキャラデザをやっているので少しアドバイスできるかなと思います。
キャラデザを考えるとき、「シルエットに特徴を出すこと」と「モチーフ」、それから「差し色」で考えるとある程度いい感じになるかと思います。
元絵も静的で素敵なキャラデザですが、背景との関連があまり感じられず、せっかく書き込んである背景が取ってつけたような印象になる恐れがあります。
時計をモチーフにしたキャラと仮定して、背景の時計と関連のありそうなアクセサリーや模様をつけました。
特に裾の部分などに細かい装飾を施して特徴を出すとファンタジーっぽいデザインを作りやすいです。

また、全体的にやや平坦な印象もあるので、フリルの形に特徴を出したり、お腹の紐をリボンにして広げるなどして少し複雑なシルエットになるようにしました。
デザインではなくイラスト的な話になりますが、髪の毛なども少し遊ばせると動きが出ます。(ただ、このイラストの場合は静的な方が雰囲気に合っているかもしれません。あくまで一例です)

キャラデザの色ですが、全体的な色味は背景とも合っていて素敵だと思います。
差し色があるともっといいかなと思ったので、いったん目の色を赤系にしてみました。
メイン色を2色(このキャラだも青系とグレー系)にし、狭い範囲に1色だけ別の色(赤系)を入れるとデザインに幅が出しやすいと思います。

偉そうに書いてしまいすみません。なにかの参考になればうれしいです。
素敵なイラストだと思うのでこれからも頑張ってください！

色の選び方は大丈夫だと思います！
調整もありますが、馴染ませたり、わざとアクセントに明るい色を入れたりするのもありかなと思いました。
いつもは厚塗りなので、うまくトピ主さんの絵をいかすことができず申し訳ないのですが、こうするとまた違って見えるかもと、思う箇所に色を置いてみました。
背景の時計を馴染ませるために、真ん中付近には近くの水色を、上部には近くの黒に近い紺を。足元はいっそ明るく水色をいれてみました。
人物は少し明るくてもいいかなと思ったので、とりあえず水色を覆い焼きで薄く入れて、人物の髪や肌で一番明度の高いクリーム色を遊び髪や細部にちょこちょこと入れて光ってる感じを足してみました。
画面から離れてみたり、画像をすごく小さくして見て、遠目からでもなんとなくまとまっている感じなら大丈夫だとおもいます。
こちらの絵を拝見するに、色数もちょうどいいと思うので、決まった場所に決まった色を塗るのではなく、その絵の色の範囲でちょこちょこ色を飛ばして遊んでみてもいいのかな、と思います。素人目線で恐縮ですが、自分には描けない雰囲気の絵なのでとても可愛いです！