「皆さんに行き渡るようにしたいけれども、理由があり自宅に多くの在庫を抱えられない」と事情を説明しても、皆さん受け入れてくれないものなのでしょうか……。
皆さん「白い目で〜」と仰ってますが、白い目で見るのはあなたですか？それとも、自分ではない誰かですか？
因みに私は、例えば界隈の誰かがそう言った受注生産をしていたとしても、特に何も思いません。このご時世ですし、数の予想もつきにくいと思います。
二次創作は極めてグレーなものなので、リスクや赤字を減らし要領良く製本したいなんて甘えだしルール違反だと言う方もいらっしゃるでしょうが、正直「で？」って感じですね。
そのやり方が気に食わないから買いませんと言う方も一定数出てくると思いますけど、本当に欲しい人にはきちんとお渡しすることが出来ると思います。

なんか荒れてますね……
何人の方が言っている通り、二次創作で受注生産がだめなルールがあるわけではなく、いわゆる暗黙のルールなので、恐らく男性向けなら結構あると思います
でも、何人かの方が言っているように人によっては嫌われる行為であるのも事実だと思います
その結果叩かれることもあるかもしれませんし、それは界隈ごとの空気なので分かりません

私はそういう本を買ったことがないですが、自界隈でその方式で頒布した人は知っています
私の知る限り目立つような炎上は起きていなかったし、普通に頒布してましたが、本人は「指摘のマシュマロがきた」とは言ってました
でも在庫は抱えなくてすむし、感謝のマシュマロも来たと言っていたのでメリットも大きいと思います
女性向け同人は暗黙のルールがたくさんあるので、もしかしたら目をつけられるかもしれません。そういうのが大丈夫なら別にいいと思います

女性向け二次創作界隈では受注生産はNGという暗黙のルールがある程度市民権を得ているのでジャンルの空気を読むべし……っていうのはトピ主が言う「メリットやデメリットを教えて欲しい」にあたる重要な情報だと思います。
以前いたジャンルでは公式ガイドラインで「二次創作グッズは受注生産NG」と明確に記載があったため、ノベルティ付きの本を事前予約受付しようとしていた方がマシュマロで指摘を受けて頒布方法を見直していたのを見たことがあります。

再販アンケートは当てにならないのであまりおすすめしません。

以前私が同じような状況でBOOTHにて再販した際は、発送までの日数を14日後に設定し、「再販かけました！(実際はまだ)多忙のため発送は二週間後になりますがもう注文できます～部数多くないのでお早めに～」とアナウンスをしました。そして一週間様子を見て注文数と同じくらいの量印刷かけました。結果、一週間の注文数＋余部でちょうどよかったです。
完売後再度再販しないのかというマシュマロが来ましたが、本当に欲しい人は一週間もあれば注文していると思いますし部数が多くないというアナウンスもしていたので「ごめんなさいお話していた通り少部数しか再販できないんです～」と回答してあとはスルーしました。特に問題は起きていないです。
大っぴらに「予約数だけ刷ります！」と言わなければ問題ないのではないでしょうか？(学級会頻発ジャンルであれば注意した方がいいかもしれません)

実際BOOTH通販を利用している感想ですが、
・倉庫発送は遅いです。納品から倉庫到着の確認も、そこから発送されるまでも遅いです。
・自宅から発送は数が多くなると梱包も発送も面倒です。
・全て同一内容の注文なら比較的楽ですが、この人にはboostのお礼を同封して～この人は既刊と合わせての注文で～となると発送先を間違えないようにする手間が発生するのでめんどくささが倍以上になります。
・梱包は厚紙封筒を使うと非常に楽です。以前は〈PP袋に入れた後厚紙で挟んで動かないようにテープで留めその上からPP袋に入れ、最後に封筒に入れる〉、という作業をしていたのが〈PP袋に入れて厚紙封筒に入れるだけ〉で完了になったのでかなりの時短になりました。
・匿名配送を選択しても、追跡を使うと最寄りの営業所まではバレます。
・コンビニなどに一度に大量に持ち込むとレジを長時間占領することになるので、真夜中などの人がいない時間を狙っていくか、３冊ずつくらいに小分けにして少しづつ出すか、持ち込むにしても営業所に直接出向くかした方がいいと思います。

参考になれば幸いです。

投稿主です。
みなさま、ご回答ありがとうございます！
暗黙の了解として、予約販売について一部の方、界隈によっては全体的にあまりよく思われないことは気付かなかったので助かります。皆様が納得できる方法で平和に通販できるよう、工夫していこうと思います。

私の質問の仕方が良くなかったのか、回答してくださった方の中ではご回答に関して軌道修正などのご指摘をしてくださるなど、お気遣いいただき大変恐縮です。皆様の回答すべて、とても参考になっております。ありがとうございます！

また、最後にご自身経験を踏まえて具体的に質問の一つ一つに答えてくださった方、ありがとうございます！
BOOTHで角を立たせないよう、しかし必要部数をある程度把握して再販する方法や、
倉庫委託と自宅からの発送でのメリット・デメリットや、さらに梱包方法や発送手続きのコツまで、通販を始める時にとても助かるアドバイスを頂き、とても参考になります！

皆様から頂いたご意見、アドバイスをもとにこれからもトラブルなく通販できるよう、計画を練っていこうと思います。
同じく通販を始める際に疑問を持ってらした方にも、これから良い通販ができますよう、お祈り致します！

皆様、ありがとうございました！