まず「夢創作＝必ずしも版権キャラとオリキャラの恋愛を描いた創作ではない」ということを前提に

腐だと必ず恋愛関係が絡むからセンシティブになりやすいのに対して、夢は定義が広いのでカプ名タグが使えない場合があったり、どんな関係を描いた作品か夢タグだけで判断しづらいというのもあるのかもしれません
夢専用タグ自体は恋愛夢創作が盛んなジャンルならよく見かけます(Aオリ主とかジャンル名+夢とか)
Googleの検索で引っかかるって意味ではジャンル名タグ・キャラ名タグは危ういかもだけど、pixiv内で検索する人でどんな形式の夢でも受け入れられないって人はミュートやマイナス検索してるだろうし、ファン視点夢創作とかはファンアートとして受け入れられやすいから夢タグ+キャプションやワンクッションで各自避けてもらう形で落ち着いているんだと思います

>ジャンルごとに異なる事情があるのでしょうか？

検索避けに対する考え方や美学は人それぞれなので何とも言えません
既存の書き手の投稿方針に右倣えする新規書き手も居ればそうでない人も居るし
ただ、腐カプはカプタグで探せますが夢はお目当てのキャラ名を入れないと作品検索に難儀するのでキャラ名は入れないとあかんのではと思います

あと支部はキャプションやタイトルも検索に引っかかるので検索避けするならキャプションでもキャラ名を伏せ字や当て字にする事になると思うけどそうなるとますますお目当てのキャラ夢作品にどうやって辿り着けば…? と思います

夢が苦手な人はマイナス検索するしかないです、私も作品名やキャラ名検索するときは欠かさずマイナス検索してますしミューワードにも設定してます　他人のタグの付け方はどうにも出来ないと諦めることも必要…

・二次創作の腐向けと夢向けで暗黙のルールが異なるのはなぜでしょうか？

→タグ付けのルールは腐だから、夢だからというより、そのジャンルの空気感による気がする。

トピ主は
「腐向け作品に対しては、ジャンル名タグ・キャラ名タグを避けて、カプ名の略称やジャンルの腐向けタグをつけている作品がほとんど」
「夢向け作品には、腐向けのような”暗黙のルール”があまりなく、ジャンル名やキャラ名タグをそのままつけている作品が多い」
……と書いているけれど、たまたまトピ主がそういうジャンルを通ってきただけだと思う。

「腐向け作品だけどジャンル名やキャラ名を付けている作品が多いジャンル」も「夢向け作品でジャンル名やキャラ名を避けてタグ付けをしている作品が多いジャンル」も見てきたよ〜。
個人的に若い層が多ければ多いほどきちんと棲み分けがされていない印象。

・腐向けでも夢向けでも公式に迷惑をかけないようにする必要はあり、公式関連タグをつけないほうがいいのではないか？

→これは本当にその通りだと思う。
というか、本当は夢にも「暗黙のルール」はある（Pixiv百科事典の「夢小説」の項目に棲み分けについても書かれてたと思う）

ただ、数年前くらいからライトな夢女子層が増えたせいで、そういう「暗黙のルール」を知らないまま創作してる人が沢山いる気がする。

ちゃんと守ってる夢女子もいるんだけど、そういう夢女子は個人サイトに引っ込んでたりちゃんと棲み分けをしてるから目立たないんだろうと思う。

・腐向けはものすごく隠れていて、夢向けは堂々としている

→自分のイメージと真逆でびっくりした。今そんなことなってるの……？

ちょっと前までは「夢女はTwitterに鍵かけてろ」「個人サイトから出てくんな」的な風潮があり、オープンな場で夢の話をしようものなら夢からも腐からも総叩きにされるリスクがあって、「腐女子に目覚めたきっかけはうっかりPixivで見つけた腐向け漫画だった」があるあるなくらいには腐向けが堂々としてたんだよ〜（インターネット老人会）

憶測含むけど、これは上に書いたようなライト層が増えたというのが大きな原因かなと思う。増えすぎて自浄作用が追いついてない感がある。
あとは若い子はそもそも何が悪いか理解してくれなかったりするのかな…と某移民の話を見てて思った。

もうあと数年すればちょっとは落ち着いてくるんじゃないかな…。棲み分けはしてほしいよね、同じ夢女子として申し訳なく思います……。