アップロードが上手くできないと焦りますよね。お気持ちお察しします。
dpiはデジタル原稿を紙印刷するときの概念だと聞いたことがあるので、おそらくpixivにアップする点では関係ないんだと思います。
pixivに投稿する際、私はキャンバスサイズを長辺600～700ピクセルになるようサイズ変更（縮小）しています。そうすると大体1ページが1MB程度に収まるので全体のファイルサイズの点でも困りません。形式はjpg。この体裁で投稿して、今までイラスト・漫画ともにエラーになったことはないです。
長辺を600～700ピクセルに決めたのは、自分のPC画面の解像度（縦900ピクセル）を基準にしています。ピクセル等倍で表示する場合、PC画面の解像度より大きいと拡大表示のようになってしまって（全体が見えなくて）見づらいからです。

5年くらい前、pixivで試したことがあるのですが、例えば長辺1000ピクセルで投稿しても、表示される際には縮小されるらしく、長辺600ピクセルで投稿したイラストと表示の大きさが変わりませんでした。（クリックすれば元画像のピクセル数で表示されますが）
今は仕様が変わっているかもしれませんが、大きいサイズで投稿しても表示に時間がかかるだけで、表示サイズは変わらないというのも自分流のピクセルサイズを決めた理由です。
生半可な知識しかなくてすみませんが、お急ぎだろうと思ったのでコメントさせていただきました。

エラーメッセージを見ると「サイズが大きすぎます」と出ていませんか？
画像ファイルの制限はファイルサイズの他にピクセルサイズにも制限があります。
現在のpixivヘルプには記載がありませんが、クリスタQ&Aに似た内容がありました。

pixivのピクセルサイズ上限は30Mpx。
トピ主さんはマンガ投稿する際にはA4だったり600dpiだったりするそうですが、
A4サイズ、600dpiのページであれば、ピクセル数は幅4961px高さ7016pxで、約33Mpxになります。

そのため、ピクセルサイズ上限を超えているのでエラーになっているのかと。
入稿用データとは別にWEB閲覧用のデータを別途作るようにした方が良いと思います。

というのも、スマホで見た際は通信量、またパソコンで見た際はどアップ表示など
大きすぎる画像、重すぎる画像は見る人を不快にさせ逆効果だったりするからです。

マンガ作品投稿時の推奨サイズは推奨ピクセルサイズ：横幅1700px(前後)×縦幅2400pxです。
リサイズ用のフリーソフトとかあると、とても便利です。
私はオススメはRalphaというのが使いやすくて使ってます。