初めに断っておきます。アドバイスじゃなくてごめんね。
ただ、すごく今まで悩んでたんだろうなってことが伝わってきたので思わずコメントをしてしまいました。
まずは合同誌の制作お疲れ様です。本当にたくさんの苦労をされたのだろうと、心中お察しします。合同誌は、私も仲のいい人とやった事があるのですが、やはりそれでもギスギスしてしまったので難しいですよね。今でもその人とは友達ですが、もう二度と合同誌はしないと思います。
一冊の本を一人で作るだけでも大変なのに、自分以外の人と足並みを揃えてやるとなるともっと大変ですよね。
ジャンルが好きなら、別に離れる必要ないんじゃないでしょうか？AさんとはTwitter上だけ、表面的な交流だけに留めて、仲良くしたいBさんと今後も関係を続ける。それじゃダメなのかな。トピ主が気にしてるより、他の人って誰々と誰々仲良しだよねーみたいな関係ってあんまり気にしてないと思うけどな。
他の方もコメントをくださると思うので、そちらも読まれてから、トピ主にとって良い決断が出来ますように。少しでも早く心落ち着けるといいね。本、あと少し頑張ってね。

自分も三人で合同誌出して、うち一人にむかついて縁切ったことがあります（理由は締切破りがひどい、自分でやると言っていたことをやってないなど）。義務だけでも果たしたいと思って強引に発行したのも同じ。ただトピ主と違って、周りにバレたくないとか思わなかったし、普通にお互いブロック状態でした。ただそれで自分が活動できなくなるとか界隈が空気悪くなることはなかったです。合同誌で何かあってケンカしたんだろう、とはみんな気づいてたはずだけど、それって同人あるあるだし。一応は縁切った相手も自分もそのカプ内ではそれなりに有名でした。
というようにほぼ同じ経験をした自分からしたら、気にしすぎというか、合同誌でケンカするなんて同人あるあるだからよっぽど見えるところで派手にやらかさなければ大した問題にならないと思う。Aと縁を切ったら界隈の空気が悪くなるとか、ちょっと考えすぎじゃないかなあ。ただAが性格悪くて、縁を切られたらトピ主の悪口を広める可能性が高い、とかならもっと拗れるかもしれないけど。

トピ主です。これでコメントを追記できていると良いのですが…。
皆様が懸念されている「パクりのあるかもしれない合同誌を本当に発行するのか」についてですが、説明不足だったので簡単に実情をご説明させていただきます。

まず脚本は私たち３人が語り合ったものをベースにしているので、誰かの作品をパクってはいません。そして今回のパクられは私で、他の犠牲者がいないことも確認済みです。
幸い今回のA担当分は「私の文+３人で考えた脚本をなぞった文+私とA共通の資料を参考にしたA独自の文+A独自の文」で構成されており、外部のパクりはありません。「A独自の文」についても、私が念入りに調べてチェックしております。
パクられた私の担当ヶ所は書き直しているので、作中に同じ文面もありません。小説を読んでもどこがそうなのかわからないと思います。

Aは自然体で創作してるのでわざわざパクりだと喧伝しませんし、Bも小説に関わっていないのでパクりがあったこと自体知りません。私とAだけの問題になっているので私が黙っていれば完結します。
なので皆様が懸念されているような、外部を巻き込んだ炎上や、返金、回収問題はそうそう発生しないと思われます。

金銭や在庫管理についても、企画始めに十分話し合い、全員が納得いく形になっています。こちらも余程のトラブルがなければ揉めることはないでしょう。このまま最後まで何も無いことを祈っています。

ただ皆様のお話を聞いて、作者間のパクりで痕跡も無いとはいえ、パクり意図のある本を発行する行為自体良くないと改めて反省しました。パクり犯に加担していると見られても仕方ない行動だと思います。
自分のことや完成を目指すのに精一杯で、購入者の方の気持ちを失念していました。自分は裏切られた気持ちになっていたのに、この本で他人を同じ気持ちにさせるかもしれないと思うと、申し訳なさで一杯です。
Bにも、機会をみて真実を話したいと思いました。発行者のひとりのBには事態を把握する権利と義務がありますし、よくよく話し合いたいです。
戻れないところまできてしまいましたが、今からでもできる対策や、見逃していることは無いか再確認してみようと思います。

一晩でこんなに沢山の方にご意見やお気遣いをいただけると思っていなかったので、皆様のお言葉が胸に沁みています。他人の問題に心を砕いてくださり、本当に感謝しています。ありがとうこざいます。
話を聞いていただいたおかげで、考えすぎて狭くなっていた視野が広がりました。張りつめていた気持ちを少しだけほぐして、油断せず最後まで踏ん張ろうと思います。
良い形におさまるかわかりませんが、皆様のお話を参考に、私なりの最善策を模索してみようと思います。
ご助力してくださった皆様、本当にありがとうございました。