文庫サイズなら大きい絵のコマをメインに、小さいコマはなるべく小さくしてメリハリを付けると漫画っぽくなるんじゃないかなと思います。安牌なのはトーンだと思いますが、使用予定の印刷所さんで過去に表紙や挿絵など描いて印刷してもらったものがあれば、それを参考にするのが良いかと思います。

文庫サイズでも上下二段はデカく見えるな。1ページ５〜6コマに収まるなら三段でもいいと思う。
文庫サイズの漫画を遠くから読むわけじゃないんだし、単行本（128✕182mm）とそう変わらんもん。文庫本の漫画がないなら単行本の漫画見て参考にしてみるのはどう？

向いてる仕上げは紙や印刷所の得意不得意にもよるよ〜。小説本特化の印刷所だとトーンやグレスケがきれいに出ないとこもあるから、入稿する印刷所が聞けるなら聞いて得意な方調べた方が無難かも。
仕上がりそんなに気にしないなら自分がいつも仕上げてる方でいいと思う。