あくまで個人の意見です。
先天性ってことは生まれた時から性転換されてるって設定ですよね。だったらご友人の感覚の方が自分には合ってます。でも、後天性ならトピ主の感覚が合います。

あとは、キャラクターの特徴をどう捉えているかにもよる気がします。
仮に、男性からモテる女の子キャラが性転換されて男の子キャラでお話を作るとして。
単純に元の女の子を異性からモテるキャラと捉えているかどうかです。
男性から好かれることに意味があるなら、自分ならそこはあえて男性からモテる男の子キャラにするかも。

嗜好や行動の傾向など、人物設定は据え置きにすることが多いです　基本は身体の性別のみ変わる感じ
挙げられているような例だと性別転換というよりキャラ反転に近い気がするので自作で先天性性転換を書くときにはやらないかな　他の人の作品としてはそちらも面白く読みます
キャラの性格によりますが、口調や一人称を多少それぞれの性別風？にすることはある　併せて名前も作品の雰囲気に合わせて転換後の性別っぽくする場合もあります（ユウジロウ→ユウ　程度に）

先天性にはまず「性転換」のくだりが無い、最初からその状態だから好きな性別が設定上反転するのはさもありなんだと思うが…

自分は先天性なら、男好きが女好きになるのは自然に感じるな〜「この人は男好き」って認識じゃなく「この人は異性愛者で、異性意識強め」って認識なんだと思う。

自分なら「男好きな女キャラ」が男が好きな理由により変わります
異性にちやほやされるのが好き、恋愛の駆け引きそのものが好きな場合は女好きになると思います
女友達がおらず男相手の方が話が合う等、男好きだと周囲に言われているだけで本人は友達のつもりなら、先天性でも男好き＝同性の友達優先だと思います