面倒くさいですが全ページ書き出した後に１ファイルずつ校正チェックしますよ
あったことありませんがトーンの抜けとかも同時に確認します

書き出しが上手くいかないことって、そんなに無いと思う。一括書き出しして、書き出したものをしっかりチェックして、駄目だったページだけ個別に書き出しすればいいんじゃないかな。

書き出しがうまくいかないのは、書き出し設定が思うように出来てないのがほとんどじゃないかなあ
クリスタでモノクロ原稿描いてて20冊以上出していますが、思った通りの出力じゃなかったときは自分の設定ミスでした
レイヤーがグレーになってしまうのはグレーで書き出しにする設定にしてしまっているんだと思いますがどうでしょうか
「レイヤーに付与されたトーン効果を有効にする」のチェックを外すとグレーで書き出されますし

いやトラブルが起きることの方が稀だし、手作業で統合してく方が逆にミス多そうだけど…？
他の人も言ってるけど、書き出した後に問題ないかチェックすればいいのでは…

オフ本用の原稿もオン用の作品もいつも統合して書き出ししてるけど、抜けがあったことは今のところないですよ
レイヤーがグレーになってしまうのは書き出し設定に問題があると思うので、クリスタのFAQや印刷所の指定(クリスタの書き出し設定を図解してるところも多いです)を確認することをお勧めします
他の方もコメントしてますが、書き出し後のデータをしっかりチェックすれば大体は問題ないはずです
ちなみに自分は、オフ本では必ず書き出した原稿を印刷してチェックするようにしてます
印刷してみるとトーンのはみ出しとかテキストの位置ズレに気付けたりしますよー

まとめてでのお返事失礼します、トピ主です。
まとめて書き出しを行い個別チェックし、おかげさまで無事に入稿することができました。
印刷所やクリスタ側の解説を読み込んでも不安が残っていたので、先人の方々の知恵をお借りできてとても安心できました。本当にありがとうございました！