別にいいんじゃないですかね？
というか大手の方なら利益出るのは仕方がないと思います。
原価プラスマイナス何円とかではなく、相場と比較しての価格設定が普通じゃないですか？
少部数サークルだと原価で計算すると一冊あたり何千円とかになりますが、そんな値段つけてたら誰も買ってくれないので原価の半分とか1/3の値段つけたりします。
逆に大部数サークルだと原価の倍以上の値段がジャンルの相場とかよくある話だと思うのですが…。
高いと思えば買わないし、それを決めるのは他ならぬ買い手の方ですよね。
何部刷っていくら儲けたというような話を大っぴらにしている人を見たら引いてしまいますが、そうでないなら別にその方の自由だと思います。

責任感から説明を続けて本当に炎上した時、この人の性格を聞いてる限りトピ主さんに責任を追及しそうです
静観してはいかがでしょうか
あと、大手が価格を低くしすぎてもジャンルの小規模サークルが値段をつけにくくなってしまいます。
他の方がおっしゃる通り、原価を元に計算させるのではなく、ページ数と本のサイズ、文字数で決めるものだと思います。

「あなたほど影響力がある人なら他のサークルとのバランスも考えることも大事だよ！大手は印刷代以外も回収できるかもしれないけど他のほとんどのサークルは印刷代だけでも精いっぱいだしほとんど赤字だよ」と持ち上げつつ周りをよく見ることを促してみてはどうでしょうか。
ほとんどのサークルが赤字であることは検索すると確か客観的な記事とかデータが出てきます。

お疲れ様です。かなりすでに奮戦されたご様子を拝見し、手に汗握り心臓がｷﾞｭｳｳっとしんどくなるような心持を抱きました。
本当に心労お察しいたします。お疲れ様です。

結論から申し上げますと、お相手様の認識の変容（二次同人は利益を出すものではない）、
行動の変化（単価設定の変更）、すべて期待はできかねるものかと存じます。

「品性」とか「憚り」とか、トピ主様がお相手様に期待されておられるであろう、空気感でもって理解する「二次創作同人においての謙虚な姿勢」というものを、トピ主様の記載されている範囲でしかわかりかねますが、お相手様が理解するに難しい環境のように思います。
（友人が少ない、経験に対して評価があまりにも大きい）

そして、こちらも暗黙の了解として非常にセンシティブな表現ではあるのですが、二次創作同人で黒字を狙う事はけして悪行だと言い切れるわけではないのです。

二次創作同人にて元手、生活費を稼ぎ経験とﾌｫﾛﾜを積み上げ商業への足掛かりにする方、男性向け同人界隈、などなど
利益を出すことが公然の秘密となっているような界隈は存在しえます。
「利益を出す」事それ自体は、あまり罪としては問えないのです。

昨今の時勢を鑑みるに、「原作への配慮と尊重を欠く事、そして原作のイメージを含めた利益を損なう事」が、最も避けるべき事態と考えられます。

従って、「利益を出すことをあきらめさせる」という、お相手様の算盤に手を出す形ではなく、
「原作、ひいてはジャンルのイメージダウンになるから、お金の設定をどうしたこうしたは、この場だけで言うようにしてほしい」「あまり利益を出した、出したいなどの話は、公にしないでいてほしい」などの、「品位を保つこと」を促すほうが、よろしいのではないでしょうか。
何より、その算盤の当てが外れたとしても当たったとしても、当人の財産の話です。

あくまで、このトピに流れ着いた同人もののいち意見とはなりますが、ご参考まで失礼をいたします。