20万字の連載から3000字程度の短編まで書いていた者です。
思いがけず長くなってしまう原因は、だいたい情景描写や心理描写に文字数を使いすぎるているか、物語のテーマから離れた余計な要素を出しすぎているかのどちらかだと思います。
物語の中で一番の見せ場がどこなのかを軸に考えて、その場面の雰囲気を薄める要素は極力削りましょう。たとえば山の上でボス敵と戦うのが見せ場なら、小高い丘でモブ敵と戦う場面に文字数を割く必要はないはずですよね。
あと、地の文をてんこ盛りにしなくてもしっかりした描写はできます。ポイントは中身の詰まった会話文にすることです。たとえば
「昨日ひどい目に遭ったんだ」
「何があったの？」
　Aは包帯を巻いた片腕を見せた。そこには包帯がしっかりと巻かれている。
「実は◯◯が◯◯で〜」
ではなく
「腕どうしたの、包帯ぐるぐる巻きで！」
「実は◯◯が◯◯で〜」
みたいなやりとりにすると、これだけでかなり中身が凝縮された文章になりますよ。

プロの恋愛ものの短編集が参考になると思う
私もよく読むけど、恋愛小説の短編ってすべてを書かない感じのものが多い
作中での時間経過はいろいろだけど（ワンシーンから年単位の時間が過ぎるものまである）たとえば心の動きをすべては書いてなかったりする、結論がない心境を綴って唐突に終わるとか、なにかがはじまりそうな雰囲気だけを匂わせて終了とか
作中でそれなりに時間経過する場合、ここが肝要みたいな部分だけが描写されて途中経過や前提の設定は数行でサクッと説明されたりもする
話の主題として重要ではないけど説明しないと繋がらない部分は事務的に片付けられてたりする、恋愛小説っぽくない淡白さというか、ここが短編特有だなと感じるかも
すべてを書かず余韻を持たせたり読み手の想像に任せたり、逆にあっさりと事象を端的に記述したり、そうやって絞ったうえで、この短編で書きたいのはこれなんだという部分は丁寧に描くと短くても印象的な話になるんじゃないかなと思う

二次かな？
ネタと字数を決めて練習するといいよ
「二人で公園まで散歩に行く話」とか
なんでも長編になる/できるタイプだとこういう軽いネタでも、まず二人の公園の思い出があって冒頭でそれに軽く触れて、次に二人で出かけるとか気軽にはできない感じの現状が来て、そこから山やら谷やら紆余曲折あって、やっと手に入れた何気ない日常を噛み締めるシーンの象徴、あの頃とは何もかも変わったけど隣にいる人が変わらない幸せとか、並んで歩く二人のシルエットを描写してend...くらいのストーリー考えがち
でも3,000字のSSにする時は上記全部込みで、どっちかが「公園行こう」って言って、言われた側の少し驚いたような表情と、玄関ドアを開けるまでの３分間を描く
トピ主さんが関係性の大変化や個人の内面の変化が起こる＆その過程をがっつり描くから長編になってしまう人なら、状況や関係性に変化なしor変化の予感にとどめるイメージでSS書くとうまく行く（かもしれない頑張れ）

二次と仮定してコメントしますね
そもそも何を書きたいかによる気がする
長い期間を経てキャラ同士が理解を深めていくストーリーを書きたいなら字数を減らすのが良いとは限らないですよね
でもカプの初夜を書きたいなら、ベッドにいる二人から場面をスタートしてベッド上での描写に絞れば5万字もいらないと思う
(じっくりベッドシーンの描写を微に入り細を穿って書きつつ初夜から3連戦するような内容だったら5万字いくかもしれないけど)
心理描写とか情景描写も必要だとは思うけど、あまりにも盛り込みすぎるとダレるし内容も薄くなるので、ここぞというところ以外は思い切ってカットする勇気も大切かも
上手い作家って読者を信じて委ねてくれてることが多いなと思う