あなたが既に傷付いているのに「相手を傷付けないように」なんて考えなくてもいいと思いますよ。
「傷付けないように」ではなく「角を立てないように」でしたら、

「2人にそんなつもりは無いことはわかっているんだけど、〇□(地雷CP)推しの口から〇と□のコンビの話をされるとカップリングの話をされているのと同じ受け取り方をしてしまう。私が地雷なだけで2人に〇□を推すのを辞めて欲しいとは全く思わないけれど、〇と□セットの萌え語りは聞くのが辛いから鑑賞会は遠慮してもいいかな？ 2人に気を使わせるのも本意じゃないんだ。」

というような言い方をしてはいかがでしょうか。
こう言っても理解してくれないようならそのご友人達とそのジャンルに関しては距離を置いた方がいいと思います。我慢して苦しい思いをあなたが続けていると、ジャンル関係ない所でも相手に対する不満が溜まりやすくなって友人関係壊れてしまう気がします。

私も過去に地雷CPの話を遠慮なしにしてくる友人がいましたが、話を聞くのが嫌でフェードアウトして、今は連絡も取ってません。

なんでも言い合える関係なのかとか、友人との関係にもよりますが
逆の立場になって考えた場合、どういう断り方をされたら嫌な感じがしないかな？と考えると答えが出やすいと思います。
たとえば、自分が好きなCPのすごく萌えるシーンのあるDVDの鑑賞会に友人を誘った時に
「この二人のCPは苦手だから鑑賞会には行けない」と言われたらどう思いますか？
これは「素直に言ってくれてよかった」と思う人と「自分の好きなCPを苦手と言われて悲しい」と思う人といると思うので一概には言えないのですが、友人との普段からの交流のなかで、どちらの反応になるのかはある程度予想ができると思います。
素直に言い合える仲なら理由をそのまま言って良いと思いますし、相手の気持ちを思いやって「お泊まり会の日は予定が合わない」など適当な理由をつけて断るのも良いと思います。
とにかく自分が言われたとしたら嫌だな、と思うことは避けて話すのが、お互いのためにも良いのではないでしょうか。

素直に地雷だから行きたくないと言いましょう！風邪だ体調不良だとその場しのぎの嘘をついても、また同じ目に合うのが分かってます。
CPではなくコンビの話として……とありますが、地雷持ちからしたらそんなの、なんも変わりません。
地雷持ちの気持ちなんてわからないんでしょうねえ……断ってそれで溝ができるならそれまでの相手です。
ちなみに私は地雷CPというのものがなく、なんでも見れるタイプです。それだけに、地雷持ちへ気を配ります。いやがってる相手を付き合わせるなんてできませんねえ……むしろ私が相手に合わせます。苦手なものは言っていただきたい。
苦手なものははっきり主張したほうがいいですよ。この先何度も同じ目に合いますよ。