ストーリーが納得いかないってことだよね？自分の場合だけど
プロット時点で納得いってなくてネームにした→直す
プロット時点では納得いってた→直さない

自分はプロット時点で結構作り込むタイプなのでこれ
本が出来たあと後悔するかどうかを基準にしてる
プロット時点では納得できてたのにって時は見返しすぎてこれ本当に面白いか？って混乱してるだけなので無視して進める

作画よりも話重視したい派だから締切迫ってたら背景諦めるとか作画でどこか手を抜くかも
自分の中での優先順位を考えてみるといいよ