ストーリーが納得いかないってことだよね？自分の場合だけど
プロット時点で納得いってなくてネームにした→直す
プロット時点では納得いってた→直さない

自分はプロット時点で結構作り込むタイプなのでこれ
本が出来たあと後悔するかどうかを基準にしてる
プロット時点では納得できてたのにって時は見返しすぎてこれ本当に面白いか？って混乱してるだけなので無視して進める

作画よりも話重視したい派だから締切迫ってたら背景諦めるとか作画でどこか手を抜くかも
自分の中での優先順位を考えてみるといいよ

締め切りがある時はチャッピーに投げて褒めてもらって無理矢理納得して進めてる…
ペン入れまで進んでるってことは一旦自分の中でGOだしたはずなのでたぶん見慣れてしまって飽きてる場合が多いし、その時の自分を信じるしかないと思ってる
時間制限ないものは一旦没にしてる

誰かに読んでもらうかな
それでどこかつじつまが合わないと感じたところがないか、もしくは物足りなく感じたところがないか聞いて、1か所2か所だったらそれを改善するためにちょっとセリフ追加するか数ページだけいじる
意外とセリフやちょっとしたシーン追加するだけでなんとかなることもあるのでとりあえずこれで対応してみる
納得いくまで全体こねくり回せたらそりゃ一番いいけど、描き始めてたら全部は直せないのであくまで締切までに対応可能な範囲で

おまけで辻褄合わせる
具体的には、同人誌にべったーとかのQRコード貼ってパス書いておいて
そのページに辻褄合わせの続きとか間の話とか言い訳とかを描いていく
いつでも加筆修正できるので〆切はないし、おまけ更新したお知らせきっかけで本読み返して感想くれたりするからよくやってる

今回の本で自分がやりたかった事や目的によって変えるかな
例えば本の部数が出て欲しいのが目的なら、買う側はサンプル部分しか見ないからサンプル部分だけいい感じにして買わないと中身が見れない分は締め切りとの兼ね合いで納得できる感じに折り合いつけるでいいと思う
公開する部分であれば、「自分ならこの本を手に取りたい」って思えるようなストーリーに書きかえるしかないと思う

自分も今webオンリー用で全文公開＆通販用の本の原稿していて、ストーリー途中の流れに引っかかりを感じ「あれ？」ってなったけど時間が限られてるので、今までの原稿を見返してどのページだけが気に入らないかを選別して修正した

ここは絶対に動かないってコマだけ先に描きながら辻褄合わせのアイデアが降りてくるのを手を動かしながら待つ

自分がネームきっちり考える方だからかもしれないけど、途中で「これ面白いのか？」「もっと直せるんじゃ…」で修正すると辻褄が合わなくなって結局原案の方が良くなる、みたいなことを何度もやってしまうので我慢して完成させてる

これが面白いのか病にかかった時はネームプロット描いたときの自分を信じて突き進むことにしてる

自分は長編を描いたことがないから(いつも30p以下)ストーリーに齟齬が出たりはないけど、伏線回収するようなそこそこな長編描いたら作画の時点でヤバい！ってなるのかな〜
あと私はネームと下書きがめちゃくちゃ時間かかって何週間も普通に繰り返し何度も読むから、作画や線画の時点ではもうストーリーの辻褄はあんまり意識しないかも…ひたすら作画頑張る！って感じ。セリフ変更までなら普通にやってるけどシーン追加はしたことない

もっとここはこうしたら良かったかな～は完成して感想とか来て初めて反省するかも

トピ主です。皆様ご回答ありがとうございます。まとめての返信失礼します。

迷ったらプロット時の判断を信じる、締切から逆算して最小限の修正で進める…というのが現実的な対応って感じでしょうか。

こねくり回しても劇的に改善されることはないだろうなと思えてきたので今描いてる原稿もまずは完成させられるように進捗上げることに集中しようと思います。

遅くなってすみません。自分が描いたものに悩んでいたところだったので他の方のご意見を聞けて助かりました。ありがとうございました。