ネタに起承転結が無さすぎて、そのネタだと難しいと思います。
映画1本そのネタで作れる、ぐらいのネタじゃないと長編は難しいと個人的に思っています。
だから、長編なら、『好きになる→付き合う』とか、『出会う→好きになる→付き合う』とか、関係性が変わる話にしないと入れられるエピソードが少なくなるかなと。長編って結局、間にどれだけのエピソードを入れるかどうかだと思うので。
どうしても付き合った後を書くなら、『付き合っている→別れる→もう一度付き合う』ぐらいしか私は思いつきません…
今回のネタで言うなら、
『付き合っていることがバレる→トラブルが起きる→別れる(もしくはすれ違う)→助言を貰うパターンor他の人間と関わってみて、相手じゃないと駄目だと気づく→話し合う』みたいな…ベタベタですみませんがこんな感じで、その中に学生なら学生ならではのエピソード(文化祭や体育祭、修学旅行など)を絡めて萌えポイントをちょくちょく落とし込んでいく、という感じになりますね…参考になったら嬉しいです！

普段オフ本では6万字～の話を書いている人間です。
私としては長編はネタが全てだと思っています。字数を増やすには「字数を費やすことになるネタ作り」が必要だと思います。短編向きのネタを無理に字数増やしたところで薄くて中身のない話にしかなりませんから。

私なら設定や世界を練るというよりはどのような事件を起こすかを考えますね…
何事も起承転結、物語の開始時点と終了時点で変化があると思います。
恋愛系でよくあるのが
最初→AとBは友達
最後→AとBが付き合う
こういうのです。
トピ主さんの例ならば
最初→AとBは秘密の付き合いをしている
は確定なのですが、最後はどのように変化させるか。別れる？堂々と付き合う？秘密の付き合いだけど前よりももっと親密になっている？色々あると思います。これは人それぞれだと思います。

そして最初と最後があるということは、最後に至る過程があるということで。
AとBは友達→（何かある）→AとBが付き合う
この「何かある」の過程が大事でここを膨らませるのが長編にするコツだと思っています。
たとえばBがモブに告白されるとか、Aがお見合い回避のためにBに恋人役を頼むとか、文化祭があるとか。
トピ主さんの例だと
AとBは秘密の付き合い→（何かある）→AとBは秘密の付き合い、物語開始時点より親密になっている
とします。で、ここの「何かある」の部分ですが…ここに「誰も寄りつかないような校舎の隅の階段で」という設定を活かし、「偶然他の生徒に見られる」とか、「耐震工事で使えなくなる」とか事件を起こします。
でもそれだけで長編にはならないと思います。話が単純すぎるので。なので事件はいくつも起こします。解決したらすぐに事件を起こします。
私の場合
AとBは秘密の付き合い（最初の関係性）→文化祭が近いためいつもの場所が使えなくなる（事件）→家デートとか色々工夫（問題緩和、関係性の進展）→文化祭も終わり、いつもの場所が使えるようになる（解決）→いつもの場所でAを待つが来ない、探してみるとAが文化祭で惚れたとモブに告白されていた（事件）→遠慮しがちのBに改めて想いを告白するA（解決）→またいつもの場所が使えなくなるかもしれないとなるが家デートすればいいと笑う二人（最後の関係性、最初よりも進展している）
みたいな…事件を2つ起こしますかね。途中で文化祭シーンを入れてこっそりデートしたり、かっこいいと騒ぐモブ生徒にあいつ俺の彼氏だって言いたいなってなるシーンを入れたりもします。ここでAがモテてるシーン入れてモブに告白されるフラグ建てたり…

なんというか支離滅裂で読みにくい文になってしまってすみません。
最終的には「どれだけ事件を起こし、真ん中部分を膨らませるか」です。同じ文量でもわかりやすいイベントが多いか少ないかで読後感が違いますし、イベントが盛りだくさんだと長編！って感じがするので…

長編といっても中で起承転結や序破急が何度も繰り返されています。なので短いお話を書けるというのは、冗長にならず展開の波を作れる武器だと思いますよ！

例に対しては、双方共に秘密にしていることに不満はないのか、言えないことへの葛藤。相手に対してコンプレックスは有していないか。どのあたりが好きか。どういう経緯で付き合ったか、付き合ってどのくらいか。その辺を掘り下げていきます。
とは言え全部書くとは限りません。必要になったら出す感じです。「付き合って◯年だけど、一回も××なんて言われたことないな」という風に。
あとは長編ならAがBにサプライズしたさにバイトを始める、すれ違いが生じて喧嘩に発展する。そこから拗れ、抱えていた不満(コンプレックス)を爆発させると同時に和解。とかを盛り込んでいきます。
秘密の逢瀬は随所に入れ、二人が現在仲良しなのか、すれ違いゆえにギスギスしているのか…とかを説明するパートに活用。
…とかでしょうか。答えになっているか今ひとつ自信ありませんが、参考になりましたら。

10万字前後の話と、2000〜5000字程度の話を何本かまとめた本を交互に出している者です。

トピ主さんの上げたのは「書きたいシーン」なのかな、と思いました。いいですよねー学園生活！誰もいない片隅の階段、素敵ではないですか。

私もシーンから着想することが多いです。ではこのシーンを最も活かすお話は何だろう？と考えていきます。

「逢瀬を重ねている」とのことなので、何度か出てくるのですよね。どんな話をするのか、いろいろ妄想してエピソードを増やしましょう。

一方で長編ですから、ふたりの関係は変化していかないといけません。物語は変化をえがくものです。
だから、エンディングを先に考えましょう。ふたりは学生ですから、考えやすいのは卒業とかでしょうか。卒業に際してこれからも関係を続けるのか、別れてしまうのか…トピ主さんはどうしたいですか？

エンディングが決まれば、そこへ向けてエピソードを配していきます。
周囲には関係を秘密にしているそうなので、前のコメでも言われているように、周囲にバレそうになる事件とか、学園生活で起きるいろいろな行事を入れたり。脇役も必要になると思うので、合わせて考えましょう。

「どこまで設定や世界を練るのでしょうか。」とのご質問ですが、「必要なところまで」です。
書きたいエピソードが決まれば、必要な舞台や人物も見えてきます。修学旅行で友達にふたりの関係がバレそうになる、というエピソードを書くなら、修学旅行の時期や行き先、友達の設定が必要になります。そういうことです。

個人的には、いつもの階段でふたりが言葉を交わす場面が繰り返されるうちに、学園生活の様々な事件が綴られて季節が移り変わっていく、少しずつ関係も変化して…というような、静かな映画のような長編はとても素敵だと思いました。

長さだけがすべてじゃないですが、分厚い本を作ったときの満足感はやっぱり格別ですよ！頑張ってください！

短編は一瞬の情景を描くもの、長編は長期化した問題を解決し、主人公が成長するものとして書いています。

短編は舞台と心情と情景描写があれば成り立ちます。
例えば、例を短編として書くなら、「校舎の隙の階段」を舞台にして、「束の間の逢瀬を味わう嬉しさや切なさ、後ろめたさ」を心情と情景描写で盛り込みます。
特に2次小説だとこれで十分一本成り立ちます。

長編にするなら、「周囲に関係を秘密する」理由を問題として設定し、主人公が成長し、解決するまでを描きます。

短編で書いた例のシーンが起承転結の起になります。
次に問題定義の、「なぜ秘密にしなくてはいけないのか」を描いて、これが解決したらハッピーエンドなのだな、と読者と問題を共有します。
同性愛が後ろめたくてAは周囲に言いたくないと思っている、Bはそれが寂しくて不満、とかですね。
承で、「問題が発生した原因」（生い立ち、経験、互いへの感情）と、「秘密にしていることで二人がうまくいかなくなっていく情景」を重ね、承の後半で「問題を原因とする破局」を書きます。
秘密にするほど自分が恥ずかしいならもういい、とBに逃げられてしまい別れるとか。

次に、「主人公が問題解決をするヒントや気づきを得る」を入れます。
家族関係が問題で相手は問題じゃなかったとか、後ろめたくないとかAが思うようになる。
転で「ヒントや気づきを元にして問題を解決し、主人公が成長する」シーンを書きます。
AがBを迎えに行って周囲にお付き合いをばーんと告白とかですね。
結で、秘密にしなくなった二人の幸せな情景を描いて問題が解決したことと、起との違いをしっかり伝えて終わりにします。

長編の場合はこんな風にプロットを立てています。
とにかく、何か解決したい問題や、主人公が成長しなきゃいけない問題があるというのが長編の前提です。それがないと、ただひたすらにだらだら続いてしまうので、気を付けています。

長編には表と裏のストーリーが必要です。
トピ主さんの「AとBは同級生で、周囲に関係を秘密にしながら付き合っている。 そんな二人はたまに授業をサボり、だれも寄り付かないような校舎の隅の階段で、束の間の逢瀬を重ねている」というストーリーは「表」のストーリーです。
これに呼応する「裏」のストーリーが必要となります。

表のストーリーとは、「物語を進行させる舞台、情景」
裏のストーリーとは、「物語で表現したい本題」

つまり、「授業をサボりながら会う2人がどうなって欲しいか」を裏のストーリーとして設定する必要があります。
それが上のコメントで提案されている「2人が付き合うまで」「2人が密会する理由が〇〇である」などです。

つまりトピ主さんはまず、「授業をサボって密会する2人」を通して何を書きたいのかを明確にする必要があります。
裏のストーリーが決まれば、表のストーリーと連動させるだけです。というか「表のストーリーと裏のストーリーが連動するようエピソードを組み立てる」と、短くまとめられないです。

頑張ってください。

上の方と似ていますが、短編が得意なのでしたら連作という形式もいいかなと思いました。
同じ「逢瀬」という状況であっても、様々な条件下の逢瀬を繰り返し描くことで、小さな変化を目立たせることができ、関係の変化もよりわかりやすく伝えられるので良いですよ。
また、一つの短編に登場したちょっとした謎を別の短編で回収するなど、アクセントをつけることも比較的簡単におこなえます。
最初に大きなストーリー＝テーマをひとつ決めておき、短編ごとの変化の積み重ねがそのテーマの提示に繋がるように話を組み立てていけば、同じ場所に流れる時間のパノラマを描くことができるので、短編が得意な人には向いている手法かなと思います。

トピ主です。
たくさんのコメントありがとうございました。
まとめての返信になってしまうこと、ご容赦ください。

皆さま総じて「長編を書くには長編たるネタ(プロット)が必要である。主のネタはそもそもが長編向けではない」というご指摘やアドバイス、最もだと思いました。
元々書きたいシーンが頭のなかでは、漫画や映画、写真の１コマのように想像されていて、私はそれを「情景描写し文字として残す」というような感覚で書いており、それが短編しか書けない所以なのだろう、と薄々気付いてはいました。
しかしながら長編を書かれる皆様も、出発地点としてのネタ、つまりは「こういったシチュエーション/シーン/関係性が書きたい」から、プロットを構成されるのでは？と思っていたので、その構成としてどう話を運ぶのか、という疑問がありました。

今回お答いただき、皆様はおそらくそもそもの発想がとても豊かで、ひとつのシチュエーション/シーンのみだけで出発することが少ないこと、例えそこが出発地点であっても肉付けを同時進行していることがうかがえ、とても勉強になりました。

すぐに何万文字という字数を書けるわけではないと思っていますので、いただいたアドバイスをもとに、
・長編向きなプロットをいくつも立ててみること
・短編集のような形でいいから、同じ登場人物で何作も書いてみること
をやってみようと思います。

回答いただきありがとうございました！