・トーンではなく明暗はブラシでグレーで描いたのですが
→描いた結果が画面上で問題なく表示されているなら、書き出しをグレースケールにすればOK
画面では表示されているけど、最終的に結合して書き出したファイルを開いた時に、グレーにしたかった部分が黒or透明で表示されているなら書き出しの設定等がおかしいので修正すべき

・キャンバスの基本設定がモノクロの場合トーンじゃないとダメ
→レイヤーの設定がグレースケールならトーン以外も使えるよ
レイヤーの設定がモノクロの場合、そもそもグレーで描けないからすぐにわかると思う

例えば今原稿を描いてあるキャンバスに、黒→白（もしくは透明色）で上から下に薄くなるようなグラデーションをかけたレイヤーだけを作ったとする

まずレイヤーの設定から
レイヤーがモノクロ設定だった場合、そもそも画面上でもグラデーションにはならず上半分は黒、下半分は白か透明になる
グラデーションが表現できている場合は、レイヤーの設定はカラーorグレースケールになっている＝グレスケで描けているということ

次に画像を統合して書き出す設定（一応クリスタを前提に話してるよ）
モノクロ２諧調（閾値）で書き出す設定だと、書き出した後のファイルを開くとグラデーションにはならず上半分が黒、下半分は白になる
モノクロ２諧調（トーン化）だと、グラデーションは再現されるけど黒から白に変わっていく途中の部分は点描に変換される
グレースケールで描き出した場合は、グラデーションがそのまま保持される

なので、トピ主が今現在開いたデータで、画面上グレーの表現ができているなら、最終的に画像を統合して書き出すときに「グレースケール」を選べばOK
長くなってごめんね