脱稿お疲れ様です！

印刷所の件ですが、基本フェアは期間が決まっているかつ、自己申告性が多いので早く入稿したからといって適応されません。親切な印刷所さんだとフェア使わなくて大丈夫？と連絡をくれることもありますが…基本ないと考えていいと思います。

書店発送についても時期によって結構まちまちですが、トピ主さんは早めに入稿されているので電話で聞いてみてもいいと思いますよ。聞いたもん勝ちなので…！邪険にされることはないと思います。

そこそこいろんな印刷所さんを利用しましたが、やっぱり料金が高いとこは連絡がマメですし、安いところはそのへんのコストはカットされてますね。この機会に他の印刷所さんも使ってみてはいかがでしょうか。新規開拓も楽しいのでおすすめです。

モヤモヤした気持ち、すごくわかります。ヤキモキするだけで疲れちゃいますよね。
グッズサークルさんに手作り品をセミオーダーした際、同じような経験をしました。結論から言うと「納品日は最短で指定する」（たとえ急ぎでなくても）。トピ主さんにお説教しているわけではなく、私も少し痛い目に遭いましたので。

私の場合は「特に指定がなければ1ヶ月程度で納品」とのことだったので、納品日は「通常通り」にしたのですが、急ぎの注文があったのか、後回しにされてしまったようです。通常納期の1ヶ月を過ぎても連絡がないので、メールで問い合わせをしました。その後も一度やんわりと催促のメールを送って、納品されたのは結局、通常納期から2ヶ月後でした。金額が高額だったので、とてもヤキモキしたし精神的に疲れました。

この件で微妙だったのは、サークル主さんに好感を持っていたため「急がせたらお気の毒ではないか？」と遠慮してしまい、最短納期を書かなかったことです。急かさなくても、通常納期でやってくれれば十分間に合うのだから･･･と。納期を急かすのは、相手を信用していないようで失礼かも？などとも思ってしまい。
トピ主さんも、推し印刷所さんだからと信用して、優しめの納品日を書いてしまったんじゃないでしょうか？

フェア適用との差額は、悔しいと思いますが「勉強代」と思うのがいいと思います。私の場合は差額どころか、全額失う恐れがあったので、もしもの時はそう思おうと覚悟しました。
問い合わせや催促のメールは、ビジネス文書「納期の遅れ」「催促文」など参考にしました。「まだでしょうか？」というあからさまな催促ではなく「どのような状況でしょうか？」と、相手の状況を確認するニュアンスで書くのが、角を立てないコツだそうです。（十分ご存じでしたらすみません）

今はすごく落ち着かない気持ちでしょうが、納品されるまでもう一息です！
今回の対応でモヤモヤ残るようでしたら、次回から印刷会社さんは変えていいと思います。私の場合、グッズサークルさんは個人の素人さんであり、それを承知でオーダーしたのは自分なので、苦情こそ言いませんでしたが、もうお願いするつもりはありません。
苦労話が早く思い出話になるといいですね。嬉しい新刊になるようお祈りしています。