①参加する場合、カプオンリーの主催の方へ挨拶や差し入れなどは持っていくべきでしょうか？
>わざわざ差し入れはいらないかもしれませんが、挨拶してもいいかもしれません

②新刊を出す場合、持ち込み部数は大体どのくらい持っていくのが妥当でしょうか？（斜陽ジャンル中堅カプ・中堅サークルです）
>こればかりは読むのが難しいと思いますが、普段コンスタントに反応してくれている方の数が把握できるようであれば
その数近辺の持ち込みでいいと思います。
残部は通販に回せるかと…。

③地方から参加されている方は、どのくらい前にホテルなど予約していますか？
ホテル予約だけの場合は、サークル参加申し込みと一緒にします。
大阪のイベントに行く際に、新幹線とホテルのパックツアーを利用したことがありますが、自分の場合は
予約後、まず旅行会社がホテルをおさえる→一か月前に希望していた新幹線の席が取れたかどうかの連絡（第二希望まで入れられるため、予約できなかったことはありませんが）
→チケット等旅行会社より送付　という流れでした

トピ主さんが言っているパックツアーですとまた違うかもしれませんが、一例として書きました。

①いらないです。相互フォロワーで頻繁に交流する方なら挨拶がてら渡してもいいかもしれませんが、そういう関係でもなければ特に必要ないです。
②トピ主さんがどのくらいのスキルで界隈からどの程度評価を得ているのか分からないので何とも言えないですが、自分は支部に上げたサンプルブクマ数の半分程度に設定しています。ツイッターのサンプルいいねやフォロワー数は参考にならないです…。持ち込みに関しては、少し余る～絶対余るくらいの量を会場に搬入して余ったら自宅か書店に送るのが最も楽だし後悔が少ないです。
③自分は大阪方面から東京まで日帰りで行ってます。総合で3時間弱なので行きは始発に乗ればわりと何とかなってしまって…なのでホテル事情は割愛します。

①参加する場合、カプオンリーの主催の方へ挨拶や差し入れなどは持っていくべきでしょうか？
→しない。
むしろ当日は主催はとんでもなくバタバタしているのでカプオンリー主催さんと個人的に知り合いだとか、オンリー開催記念アンソロに誘われてるとかでもないならわざわざ主催スペに挨拶・差し入れはしないかも。

②新刊を出す場合、持ち込み部数は大体どのくらい持っていくのが妥当でしょうか？（斜陽ジャンル中堅カプ・中堅サークルです）
→自分の財布と相談して、無理のない範囲で刷る＆持ち込むのが無難。
ホントのホントにサークル参加初心者であるなら、搬入搬出にも慣れていないと思うので、あんまりにもたくさん刷ってしまうと搬入搬出対応でてんやわんやすることになるので、初回から大量印刷はおススメしません。

③地方から参加されている方は、どのくらい前にホテルなど予約していますか？
→イベント申し込んだら即ホテルも予約してます。
下手したらイベント開催日程が分かった瞬間(イベント参加受付が開始する前)に予約入れてる時もあります。
特に大型連休時期・お盆年末などは早めに予約しないと交通の便の良いホテルを抑えるのは難しくなってくるので……

今年のGWにイベント参加した、交流多めの絵描きです。
①ジャンルオンリーだった為、カプオンリーについてはわかりません。主催がわかるのなら挨拶に行っても問題ないと思います。当日の雰囲気に合わせればいいかと…
②斜陽ジャンル、書き手の少ないCPの中堅サークルで30部刷って半分の15部持ち込みました。売れたのは12部だったので18部は通販に回しました。
③ホテルは取れるなら早めにとった方がいいです。567の関係や場所もあると思いますが東京駅付近で7000円代のところを予約しました。会場に近い方がいい場合は先にホテルをチェックしていた方がいいと思います。新幹線プランは大体選べるホテルが決まっているので、プランの金額と新幹線+ホテル別々どちらが安いか前もって確認しておくといいです。私は新幹線より飛行機の方が安かったので飛行機にしましたが、飛行機もGWはかなり金額が上がるので検討されるなら早めに予約した方がいいです。(的外れな回答になっていたらすみません。)

地方住みだと大型連休の東京とか想像できなくて不安になりますよね。
ホテルは前もって取っておいても当日・前日キャンセルしない限りキャンセル料はとられないところを選んでホテルだけ抑えててもいいかもしれませんね。

あくまでも私の場合です。

①最低でもお隣さんへ、よろしくお願いします、程度の挨拶はした方が良いです。
差し入れはトピ主さんの気持ち次第なので、渡したい相手がいる等でなければ必要ないです。
私は今後も交流する気がないので、差し入れは積極的にはしていません。
ただしサークル間の交流が盛んなジャンルなので、差し入れを頂いてしまった時用の簡単なお返しは準備しています。
遠征なので、都内では買えない地元のお土産（安価なもの）です。

②部数が読めない場合は、通販分も含め全部数を会場に持ち込んでいます。
余ったら通販に回します。余らなかったときに再販するか会場頒布で終了にするかは気分次第です。

③イベント参加のみなのか、ついでに観光するかにもよりますが。
会場近辺のホテルを取りたいのであれば先にホテルを押さえた方が良いです。
とにかく安く泊まりたい、都内でアクセスが良ければどこでも構わない（例：主要駅の周辺）ということであればパックツアーでも大丈夫です。
イベントは休日に開催されるので、ビジネス街のホテルは空いていますので。
ただ、個人的には新幹線ならネット予約が楽ですね。疲れてお茶するから一時間遅らせよーとか簡単にできるので。

初参加とのことなので、一番大切なのは色んな意味で「自分のキャパを超えすぎないこと」だと思います。
ぜひイベント参加を楽しんでください。