それは同期の設定をしただけで、自分からクラウドへアップしていなかったのでは…？
確実にアップされてるなら自分で削除しない限り消えないし

ストレージ容量が不足していてエラーが出るなら外付けのHDDかSSDを付ける。
メモリが不足していてエラーが出るならメモリを増設する。
あとは仮想メモリの割り当てを増やす。
https://www.tourboxtech.com/jp/news/kurisuta-freeze-solution.html

PCの前提で答えてるけどトピ主さんの環境がわからないと回答しづらい。

多分出来てなかったんだと思う(自分も最初そうだった)適当に消えてもいいイラスト1枚(同期試す用って文字でもいいが)アップして、本体から消してダウンロードしてアップできてるか確認するといいかも

私はiPadなんですが、クリスタのクラウドにあげるの、自動的にそうなるようにするやり方分からなくていちいち選択してクラウドに保存してます。そうしないと、クリスタに保存されたと言ってもiPadの中のクリスタのファイルに保存されただけなので、クリスタのファイル内の作品を消すと自動的にこの世のどこからも消えてしまいます。
iPadの話で申し訳ないですが、クリップスタジオの「作品管理」タブの「アプリ内」ではiPad本体のクリスタのファイルに保存されているだけなので、選択して「クラウドon」か「今すぐ同期」か何かしらそれっぽいところを押すと、「アプリ内」ではなく「クラウド」に保存されます。