〉てっきりピクスクのウェブオンリーはすべてこちらに紐づいていると思ってたのですが、違うんでしょうか？
紐づいている方が稀です。

〉この状態だと、ウェブオンリーで新刊を出す意味ってあまりないですよね？
そうとも限りません。自作を見てもらう機会を増やしたい、BOOTH他で出したい、通販開始時期が指定できなくてもいいからとらのあなで出したい、などと言った場合も考えられます。
逆に言うと、専用タグが使える・通販開始日時の指定ができる・（やるなら）とらのあなの専用会場でWEBオンリーができる…以外の、ピクスクととらのあなWEBオンリーを併用するメリットは特にありません。
登録や参加者への周知の方がはるかに負担となる場合もあります。

界隈でとらを使っている人が多ければ、主催者に「とらのあなWEBオンリーに登録して欲しい」旨を伝えてみてください。メリットが大きいと主催者が考えれば、登録してもらえるかもしれませんよ。
（上でも書きましたが完全な主催者の善意ですので、くれぐれも逆ギレなさらぬようお願いします…）