①「他の方の小説を真っ向から否定するような小説を掲載するのはおかしい」という私の考えはおかしいのでしょうか。

→おかしくないと思う　矛盾やつじつまが合わないのは気持ち悪くてまず「小説」としてとらえたくないし、それを自分が（意図してなくても）書いてしまったならすごくショックだと思う
主催がそのあたりを調整しないのはおかしい　主催は小説嫌いなのかなと思ってしまう

そもそもリレー小説って前の人の文章につなげて書くってものだから、タイトルのみってまずリレー小説ですらなくない？それは【お話】になるの？アンソロってみんなよーいどんで書き始めたの？って感じだが今更言っても詮なきことだよね……

②Aさん(繋がっていない)への謝罪を検討しています。謝罪すべき、謝罪は控えた方が良いなどのご意見を頂きたいです。

→自分がAさんなら言われても困るけど、モヤモヤもしてるだろうから、気難しそうでなければ（そして主催と超仲良しとかでなければ）軽く言ってもいいのでは
AさんがSNSで本についてなんて言ってるかで決めたら？最高本でしたー！とか言ってるなら黙っとく

読んだ一般の人もなんだこれ？と思ってるだろうから本当は「タイトル以外は伏せられた状態での執筆だったので矛盾が生まれてしまって…」くらいは表で軽く言いたいよね

①
リレー小説って直前の展開を読んでそこにつなげるものだから、そこまでひどい矛盾は生じなくない？トピ主の説明だと、書き手がお互いの中身を知らないで一斉に書き出してるように聞こえるので、そんなやり方で矛盾が生じないの不可能な気がするんだけど……（そもそもそれはリレー小説じゃない）。
そういう企画なら、主催はハチャメチャさを楽しむつもりでやってる気がするので、トピ主の「他の方の小説を真っ向から否定するような小説を掲載するのはおかしい」という考えには同意するけど、「そうなることは企画段階からわかってましたよね？なんで今更文句を？」というのが自分の感想。
②
トピ主の企画説明だと、無茶苦茶になることが前提で建てられてる企画だと思うので、Ａさんがそれをどれだけ理解してたかによる。もし自分がそういうめちゃくちゃなアンソロに出たとしたら、わかって出ると思うから謝罪されても「はあ、そうですか」としか思わない。

①
最初から「タイトル以外伏せのリレー小説アンソロ」という企画だったなら齟齬はしかたない。
あんまりにも辻褄が合わない場合は修正お願いするかも、とか主催が言ってなかったならそりゃそのまま載るだろうなという感じ。
個人的には、変わった企画だな・配慮のない主催だな・それってリレー小説って言うのか？・どういうアンソロを目指して作ったのか謎だな、と思うけど、前提通りに執筆してもらった原稿そのまま載せただけだから主催がおかしい対応してるかというとそうでもない。

②
相互とかなら話の流れで謝罪というか辻褄合わない書き方になっちゃってた…的な事を言うかもしれないけど、繋がってない人から重たい謝罪が届いたら正直引く。
別にトピ主だけが内容伏せで執筆した訳じゃないんだよね？みんな同じ条件で書いてるなら真っ向否定的な作品が載っちゃっても仕方ないよねとみんな思うんじゃない？

①
>他の方が担当する小説の内容はタイトル以外伏せられた状態で各々が自由に執筆
そもそもこの時点で矛盾が生じることを前提にしているのでは？と思う
矛盾が生じると言うか、どんな風に話が転ぶか分からないことを楽しむ物というか、そういう闇鍋状態な趣旨のアンソロなんだなと依頼の段階で想像できる気がする。矛盾がダメなら最初から中身を見せてリレーさせるだろうし
他の人の話が分からない以上、話の筋を壊す・壊される可能性が全員に絶対にあるので、それが嫌だなと思ったらそもそも参加しないし、書いちゃった以上はそういう物だよな～と自分だったら思うかも

②畏まった謝罪はいらないと思う
皆同じ条件で参加したならまったく別の物が出てきてもそりゃ当たり前だろうと思うし

>リレー小説とは言いつつも、他の方が担当する小説の内容はタイトル以外伏せられた状態で各々が自由に執筆しました。
これはもはやリレー小説ではないね…。
内容に齟齬が出るのは当然だと思うし、主催は齟齬出るの想定してやってるみたいなので「なんでそんなに気にしてるの？」って感じなんだと思う。
ただ、このアンソロを買う読み手からすると「リレー小説」と銘打ってあってその内容では「エッ！？全然繋がってないじゃん！？」となるので、主催から「執筆者はお互いタイトルだけ明かした状態で、お互いの作品の中身は知らずに書きました」ってアナウンスは必要だと思う。

なので、質問については
①リレー小説という想定で見るならトピ主の考えはおかしくない。各自バラバラに書いたアンソロだったら、執筆者によってキャラ解釈が違ってもそれは気にしない。

②他の人達も書いてるように、「うわ〜！食い違う内容になっちゃってて申し訳ない！」ぐらいの軽めな謝罪でいいと思う。トピ主に非は無いし、Aさんの解釈を否定するつもりもないということがわかればいいかと。

リレー小説ではないね
もしリレー小説と銘打って頒布されてたら買い手がモヤモヤを抱えることになりそうだ
ただ、執筆の時点で前後の文を読まずに書くことへの不安とか無かった感じかな？そこを主催がきっちり整えてくれると思ってたとしたら、それは現実的じゃないと書き手なら気づけたようにも思う
適当な例だけど、攻め側の告白シーン→読まずに書いたら受け側の告白シーン（攻めが告白した場面はなかったことに）→攻めが告白した前提での両思いシーンみたいにめちゃくちゃになるのは予想できるから、主催が修正依頼できる範囲を超えてるよね
読み手から、トピ主含めて矛盾大量発生の執筆者たちがリレー小説として書いたと思われたらちょっとモヤモヤするだろうなというのは分かるけど、逆にそれ（これはリレー小説じゃないよね、矛盾でるよね）は執筆依頼の段階で予想できたようにも思う
Aさんもそれは同じだと思うし、逆に後ろの人から本気で謝罪されても困らないかな
Aさんもその前の人のと矛盾してるかもだし
Aさんと交流あるなら謝罪というより企画そのものについて振ってみるとか
どっちかいうと買った人に対しての、リレー小説ではない形で執筆したということへのフォローというか、そういうのが必要になるのかもしれないと感じた
頒布時に企画の全容がきちんと説明されてたならリレー小説は言葉のアヤということで問題ないと思うけど