えっと、データ上では同じ高さってことでいい？
データ上でピッタリ同じ高さなのに印刷されて出来た本では位置がズレてるって話なら印刷会社側の問題では？
切り落としの位置とか印刷の位置がどうしても物理的にピッタリ揃えられないよって話では？
違ったらごめん

印刷の裏と表で行が合ってない現象という意味かしら
ルビ振りで行送りがズレることもあるけどそれが起きてないなら、

・左右の余白で調節、両面印刷して目視確認
・印刷会社に依頼して行が両面で合うようにずらしてもらう

方法はこの二つ

ページを透かした時、表ページと裏ページがピッタリ重ならないって意味で合ってる？
左右ズレないというテンプレートがあるからそれを使ってみたらどうかな
BOOTHで、Word テンプレート 小説 で探すと出てくるよ
ググッても出てくる ちょっとテンション高めの人が配布してくれてるやつ

Wordはその調整難しい
配布されてるテンプレートをそのまま使うか設定を真似るのがいいと思う
記号やルビも行間ずれやすいので気をつけて

トピ主です。困っている現象はdJhOZwAjさんが言ってくれている通りです。

全体的に横にズレていて、光に透かしてみると分かります。
Wordの見開き設定では綴じが左しか選択できず、右綴じの印刷としてデータ作成をしていたこと、また左右の余白を同じ長さにしていたという2点からズレて印刷されたのではと思っています。

ただ今回作るにあたり、余白設定を左だけいじって両面印刷を繰り返しても、ピッタリ重なる設定をなかなか見つけられず困っています。

急いで打ったので分かりにくいトピ文になってしまい申し訳ないです。

縦式っていうアプリはその辺の調整ができたけど、有料オプションだったかもしれない
印刷まで想定したソフトじゃないとそこまで配慮できないのかもね