私の場合だけど、商業の場で同人に関することに触れるのはあんまり良くないかなと思って
（担当さんとかも読む手紙だから）
商業以前も応援しておりました～の一文と、便箋の片隅にちっちゃく同人時代の先生の推しキャラ描いたりした
そしたらお返事がずっと応援してくれてありがとう：）的なお返事で心象は悪くないみたいな雰囲気だった

嫌か嫌じゃないか、二次同人のことを隠しているかどうかは作家さんそれぞれだと思うので予想するのは難しいですが、編集部へ送られるファンレターは編集さんが中身をチェックした後、作家の自宅に転送されます。
転送の手間や送料を考えると、商業作品に関係ない内容が長々書かれていると編集さんに申し訳ないなと個人的には思います。
あくまで商業作品の感想ををメインに、同人時代のことはあまり具体的に書かずサラッとが良いのではと思います。