その漫画の公式アカウントがあるってことは、すでに規模が大きいジャンルですかね？

正直、「なるほどなー」とは思えど、モヤモヤはしないです。
公式に見つかりたくないというのは、二次創作をしている身なら誰でも思うところはあると思います。
二次創作される側が寛容だからと言って、二次創作が寛容であっても良いかと言うと、それもどうかなぁって感じるので。
※これは年齢的な価値観もあるかもしれないです。古のオタク……。

漫画なら、編集部にファンレターを送る、漫画を新刊で買う、アンケートを出すなど応援の仕方も色々あると思います。
そう言ったところで公式を応援するのはどうでしょうか。

それでも、トピ主さんの懸念が尽きないようでしたら、二次創作用のアカウントでは公式ブロックをし、二次創作しないファン用のアカウントで公式をフォローするのが良いと思います。

暗黙のルールがどれくらいの強度か分からないので、破りにいかない方が良いような気がします……。

うちのジャンルにも公式ブロック済みと書いている人が何人もいますが、普通に二次創作する垢でRTいいねしてる人もそれなりにいます。
ただそういう人を目の敵にする人も掲示板や愚痴垢などでちょこちょこ見ますね。私は公式に失礼のないように……というより、そういう人に目をつけられて粘着されたくないが故に大人しくしてます。
漫画だと作者が個人なのでまた違うかもしれませんが、アニメやゲームなどの大勢が関わる作品なら売れ行きと反応の大きさが全てですし、カプ好きや夢・俺嫁の人・二次創作者なんかもメインターゲットとして織り込み済みです。だからむしろ公序良俗に反してない限りどんな垢でもどんどん反応する方が応援になると思うんですが、同じファンに粘着されて陰口叩かれるリスクを考えると……って感じですね。

私は逆に二次創作しているのに、公式や声優さんのアカウントを堂々フォローしている方の方が怖いですね。
どんな経緯で見つかるか分からないのに…と。

まぁ、それでも公式のフォローrt、いいねくらいであれば、そのアカウントをわざわざ辿って中身を見に来るという暇な方少ないと思いますし、そこは個人の方針でいいと思います。
ただ公式をフォローする時には、アイコンは一般的なものに擬態した方がいいですし、そこで絡み絵や腐女子だとバレるようなアイコンにしたい場合には、やはり公式をフォローするなとは思いますね。
公式だけでなく、ほかの人もアイコンは確認できてしまうわけで、嫌な気持ちにさせたくありませんから。