ユダヤ教、キリスト教（改革派）、イスラム教は偶像崇拝を禁じています。
特にイスラム教は絵に描くことも固く禁じられています。

2015年には預言者ムハンマドの風刺画を掲載したフランスの雑誌社が襲撃され風刺画家を含む12人が●害されました。、
2020年には風刺画を学校の授業で紹介したフランスの教師が首を切断される●人事件が起こったのは記憶にも新しいです。
フランスがこんなにもムハンマドの風刺画にこだわっていたのは「表現の自由」があったからです。
しかし、それを許すことが出来ないイスラム教徒がいるのもまた事実です。

イスラム教だけではないです。
キリスト教でも、ロシア東方正教会でイコン（宗教画）をアニメ風にした作品が「芸術か侮辱か」で大問題になりました。

そういった宗教的な背景・事情などもあってpixivとしては「宗教画としてwebページに掲載するリスク」が当然あります。
そのため「宗教に関する作品は禁止」とした方がリスクが回避できる面もあるわけです。

「人が信じるもの」に関する創作は、その反対の立場を取る人たちからすると到底許せないものだったりします。
今で言えば「ワクチンなんか効果ない」というようなweb漫画をpixivに投稿したらどうなるか容易に想像がつくかと思います。
内包的に色々と問題を抱えるジャンルだからこそ、そういったものは「表現の自由」であったとしてもpixivも投稿者本人も責任を取り切れないことが多いので、そもそも投稿するなということです。