書き手の少ない界隈で、依頼制だとアンソロでなくゲスト本にしかならなかったので公募制で主催をしたことがあります。
幸い問題も起こらず平和に発行出来ましたが、次に主催する時は依頼制にしたいです。
トピ主さんが挙げてらっしゃるような理由＋原稿作成能力のない参加者が来たら手が回らなくなりそうなので。

別ジャンルで2回アンソロ出しました。
一応、公募制という体をとったけど実質は依頼制でした。
完全依頼制でもよかったのですが、参加者のフォロワーさんが興味を示してくれた、参加者が知人を推薦してくれた、といずれも私と直接繋がっていない方の参加をスムーズにするために形ばかりの公募制にしました。
募集期間は文句言われない程度に短めに設定して人数上限に達したら即〆切るということにしたので特に問題ありませんでした。どちらもマイナーカプなので出来たことかもですが。

何度かアンソロ主催を経験しましたが、全て依頼制で行いました。

理由1：公募にした場合、原稿作成能力(締め切りを守る、原稿のデータを1人で問題なく作れる等、基本的なこと…)が怪しい人まで気軽に参加を表明してくるリスクがある
理由2：献本やお礼などで住所や個人情報のやりとりが発生することもあるので、全くの見ず知らずの公募参加者とそれらをやりとりするのはちょっと怖い…
理由3：依頼制なら小説・イラスト・漫画の比率をある程度主催者側でバランス調整ができる

理由としてはこんなところですかねー

依頼制にしました。
やっぱりオフ本の原稿を作り慣れている人でないと難しい、毎回新刊を出している人は締切面でも不安がない、自カプをいつも書いているかたにお願いしたかったのが理由です。