やり方は人それぞれなのであくまで個人の意見として。

こだわりを捨てること。
描けないでは無く、描くのだと覚悟を決める。クレムを閉じる。
同人誌は人にお金を出させてしまうものなのでクオリティが心配になるかもしれないがその場合は全文公開などにしてから頒布する。
セリフとコマ枠から先に書いてマスク付けたりした方が線画のはみ出し処理が楽に済む。描く必要ない部分は描かない。
影とかは最悪なくてもいいように線画の強弱とベタだけはやっておいた方がいい。
吹き出しは手書きせずに既存のものを使う。
背景は出来るだけ配布されているものやコピペで済ませる。
6時間は寝る。
完璧に描ける人はいない。貴女の出来る範囲で頑張れ。

スペックがほぼ同じですので参考になれば…

・１ページに一コマはセリフのみ、もしくは小物、手、背景のみのコマを入れる。
　→読みやすくなるし時短になります。手とか小物はクリスタの素材に課金すると楽です。

・顔アップを使う
　→描くのが楽だし表情の変化がわかりやすいです。

・背景は場所説明コマと見せ場だけ描いてあとは白、もしくは模様やグラデでごまかす。
　→どこにいるのか最低限わかればＯＫです。

・クリスタの素材に課金しまくる。自分で描かない。
→難しい顔の角度のテンプレート、手、背景などが役に立ちました。

・入稿の決まりを先に頭に入れておく。
→初心者は断ち切り線、背幅サイズ、Ｒ１８修正などで時間を取られると思われます。
　私は１日時間を取られました。

・早い段階（線画の前後くらい）で吹き出しを描いておく。
　→吹き出しの下を描かなくて済みます。

・クリスタの３D製本プレビューでセリフや絵が断ち切り線やノドで切れないかチェックしながら作業する。
　→後で修正すると大変ですし、完成イメージを見ることができモチベが上がります。
　　ファイル→複数ページ書きだし→３D製本プレビュー

・漫画用のテンプレートを設定し素材登録しておく。
　→線画、下書き、背景、黒ベタ、グレー８０％、グレー３０％、枠、描き文字、文字…みたいなレイヤーセットをテンプレ素材登録しておくと一瞬で呼び出せて便利です。

思いつく限り書いてみました。こういうことでなかったらスミマセン。
応援しています！

個人のやり方と意見ではありますが、まず文章から察するにかなりこだわりを持って一コマずつ描かれているように思います。仕上げることを優先するなら、一コマずつ丁寧に仕上げることよりは、1ページとして全体の見栄えが問題ないか確認するようにしましょう。

あとは他の方とも重複しますが、
・テンプレートを作っておく(コマ、線画、グレスケなら塗りレイヤーなど必ず必要になるレイヤーを登録しましょう)
・線画と基本的な塗り分け(服の色など)が終わったら、影よりも先にカケアミやグラデーションなど背景効果を仕上げましょう 画面が埋まっていれば影を細かく描き込まなくても気になりません
・自分のやり方はネーム→コマ割り→下書き→セリフ入れ→線画→仕上げです セリフ入れは下書きか線画よりは先にやっておきましょう フキダシの下になるところは描く必要がなくなります

少し話が逸れますが、ペン入れを青でやると早くなるのはどうも人によるところがあります。自分は下書きを青で描いているので線画も青にすると早くなりましたが、友人は下書きを黒で描いて線画も黒にするほうが早くなったと言っていました。下書きと線画を同じ色でやるのが早くなるかもしれません。
ある程度妥協するなら二週間あれば問題ないかと思いますが、初めての場合は入稿だけで半日以上は使うと思っておきましょう。
無事に発行できますよう応援しております。

・ノド部分には何も描かない
・吹き出し先に書いておく。吹き出しで隠れる部分はペン入れしない
・作画コスト高い装飾は素材作る。もしくは省く、他の服着せる
・苦手な部分は吹き出しで隠す(足元、手元)
・逆に足元、手元だけのコマで間を繋ぐ
・会話コマは荒めのトーンベタ貼りで埋める(多様注意)
・仕上げはページごとのクオリティ差対策のために線画が終わってからまとめてやる。ベタ全頁→固有色トーン全頁→影トーン全頁(時間なかったら影省く)
・マジで時間なければキャラがどこにいるか説明のための背景コマ描いてあとはエモい感じのブラシポンポンしとく
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エモみブラシセット
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(この人の他のブラシもおすすめ)

情報増しブラシ
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あとポモドーロで時間管理するのもおすすめ。1コマ●分で線画すると決めて、●分よりかかるなら進捗遅れてるし巻けてるなら順調だって目安になる。
当然コマごとにかかる時間は違うけどダラダラ一つのコマに時間を注ぎ込むのの防止になる。