あくまで経験談ですが、
オフセット印刷ならアンチエイリアスがオンでも問題ないです。私はいつもオンにしてます。トーンとグレスケが混ざったり重なったりしても問題ない印刷機を使ってるところも多くなって、割と適当なデータでも大丈夫なことが多いです。
逆にオンデマンドではアンチエイリアスオンだと縁が少しトーンのようにぼけることがあります。トーンとグレスケも混ざると不備と言われるのでどちらかにしっかり揃える必要がありました。
勿論印刷機によるので、不安な場合印刷所に問い合わせるのをオススメします。

アンチエイリアスのオンオフでなく、最終的な書き出しカラーモードが何になっているかじゃなくて？
グレースケールで書き出した場合は文字や線画のアンチエイリアスのオンオフがどうか関係してくるけど、モノクロで書き出した場合アンチエイリアス関係なく全てモノクロ二値で書き出されますよね（書き出し時に闘値にするかトーン化にするかでの違いはありますが…）
トピ主の場合最終的にモノクロ二階調で書き出して入稿してない？