「句読点の有無がバラバラ」の意味がよくわからないんだけど、例えば一気に早口で話してる感じを出すなら一つの吹き出しに8文字×20行くらいで句読点一切なしにまくしたてる場合もあるし、とぎれとぎれに喋ってるなら「そ」「う…かな、うん」くらい句読点つけたりするけど、喋り方の違いを出してるだけだからそれがおかしいとは思わない

セリフの最後が「ありがとう。」「そうなんだ」と句点をつけたりつけなかったりしてたらなんで？とは思うかも

出典は覚えてませんが、や。は漫画のセリフでは基本入れないものとして考えてました
ただ少年誌(特に低年齢向け)だとついてることも多いので二次なら原作のセリフの入れ方に合わせる感じ

小学館だとついてるけど集英社だとあんまりついてない気がする。それでも一般の漫画の中では同じルールでついているようだし、どっちかに寄せたほうが読みやすいと思う

バラバラっていうのはセリフの最後の丸がついたりつかなかったりってことでいいの？
そこはさすがに統一した方がいいと思うけど、セリフの中に「、」を入れるかなら、私の場合は普段は入れないけどキャラが言葉に詰まったりした時は入れてるよ。一冊中1〜2回

漫画の句読点って出版社によってまちまち（そもそも句読点なしとかも多い）だから自分が好きな出版社の漫画に合わせればいいと思う
無難なのは句読点なし統一の方かな

まとめての返信になり申し訳ありません。アドバイス頂きありがとうございます。
描こうとしてるキャラが特定のキャラと喋る時だけ不思議ちゃん(？)のような感じになるので、そのキャラと喋る時だけ句読点をつけようかなとか思ったのですがやはり皆さん基本統一した方がいいということだったので、雰囲気出すのは吹き出しをやたら分けるとかそういった他の手法を考えてみる方向で行こうと思います。大変参考になりました！