描き手です。A5本40Pは自分なら400円なので、600円はちょっと思い切ったなぁ…という感じです。
(多分40Pではなく44Pにして500円で頒布します)
600円だと買い手目線では、大好きなサークルならちょっと躊躇するけど買う、それ以外は考える所でしょうか。
ただ、500円だったら大好きなサークルでなくても喜んで買うか？というと微妙な所で
正直500円でも600円でも買わない人は買わないと思うので、どっちでもいい気もします。
オフラインイベントなら500円ワンコインならお試しで～と思う人もいるかもしれませんが、オンラインだと送料もかかるしワンコインの手に取りやすさは薄まりそうです。

今回は難しいかもしれませんが、次回からは印刷会社をもっと安い所に変更は出来ませんか？
ポプルスさん、ちょ古っ都さん、おたクラブさんあたりなら1冊500円でも6割はければ印刷費の回収は可能ですし
600円で6割をラインにするなら、丸正さんに表紙持ち込みでオフセット印刷も可能です。
少部数で長く活動を続けたいなら安い印刷所、もしくは持ち込み等で安くなる方法を探すと良いですよ。

描き手です。
私もその内容なら基本的には500円にします。
けどそれは会場で行うオフイベントで会計がしやすいように、という配慮もあって500円です。
オンライン即売会ならお釣りとかも気にしなくて良いですし、600円にしても良いんじゃないでしょうか。

ただ正直、少数部頒布で印刷費の回収は今後も考えないようにした方が、逆に長く同人活動やれると思います。
私も50部頒布で600円にしたら印刷費回収できるけど…まぁ500円にするかぁってことよくあります。
100部頒布なら500円でも黒になる。なら100部目指そう、みたいな。

印刷費の回収を考えるのであれば、安い印刷会社さんか、早割入稿なども今後は検討して見て下さい。
pixivとかでもクーポン使えたりしますし。

安いとは思わないけどそんな高くもないかな。
けど、それは作家さんによる。
好きな作家さんなら普通に買いますが、そうでなければ少し迷う金額ではありますね。
あと買ったあとに、高い買い物したとか買ってよかったと思わせるのは内容次第でしょうか。
他より高めの金額設定しておいて中身が価格に見合っていないとなれば場合によっては二度目はないかも。
逆を言えば中身さえよければ多少高くても満足するし次回も金額設定高めでも気にせず買うってことです。
価値あるなと思えば、700円でも800円でも1000円でも買います。
好きな作家さんなら買うっていうのはそういうことで、大体は間違いないだろうから価格気にせず買えるんだと思います。
たかが100円、されど100円‥微妙なところですね。

描き手です。
自分なら、早割やキャンペーンを駆使しつつ、もう10部増やして500円におさめるかなと思います。
同じ本を長く頒布するのもあまり苦にならないため、部数を増やすことでコスト面のバランスをとってます。
部数をどうしても絞りたい時は、全部捌けて印刷代が回収できるくらいの値段設定にしてます。
短いスパンで完売させたい＋印刷代は回収したい時は、ページ数を減らしてコピー誌にすることもあります。
とはいえ、実際に頒布してみると、少々お高めの価格設定になってしまった時でも割とすんなり捌けてしまったりするので、買い手の方にとっては100円や200円の差はあまり気にならないのかもしれないとも思います。

沢山のコメントありがとうございます。とても参考になります……！買い手さんの意見も書き手さんの意見もとてもありがたいです……！本当は一件一件コメント返ししたいのですが手が回らず一括になってしまってすみません……。

早割は既に使っていて、ほぼ最大値の割引です。
オンデマンドなのでPPをしないと表紙のトナーが剥がれるかもしれないとの事で加工を追加した結果、頒布価格で悩むことになってしまいました……。これは自己満足での装丁扱いになりますでしょうか……？

600円だと手に取る方は取るが、少し高いというような印象を受ける……という感じですかね……。それに加えて送料もかかるとなると……。
折衷案として550円というのを考えついたのですが、やはり50円単位となると通販でも嫌煙されてしまうものでしょうか……。
また、本体＆梱包代で600円(もしくは550円)になっています、申し訳ありません、のような注意書きを入れるというのは心象が悪いでしょうか……？
何も言わぬままにしておいたほうが良いのか、それとも素直に言ってしまうべきか……。迷っております。
追加での質問になってしまい申し訳ありません。
お答えいただけるとありがたいです……！

表紙のクリアPPは普通の装丁だと思いますよ！
自己満足の装丁というのは表紙特殊紙とか、箔押しとか、小口染めとかのような通常セットには含まれない、オプション扱いされるような加工のことを指すと思いますよ。

私が読み手だとすると、550円よりは600円の方がいいです。50円の端数が何となくモヤモヤしてしまうのでそれなら切り上げて600円出しますね…
本体＆梱包代で600円表記はむしろ良いと思いますよ！少し相場よりも高いかなと思っても梱包代含むなら+100円くらいあるなと私は納得します。
なくてもいいとは思いますが、｢本体＆梱包代600円+送料｣くらいの記述で高い印象はなくなる、むしろ適正価格だと感じますね…
一個人の意見ですが参考になれば幸いです。

自己満での装丁？というのが引っかかりますが…（同人誌は誰かに頼まれたわけじゃないので全部自己満です）

通販はBoothですかね？実際に払うのは送料手数料込の値段ですから本体価格が50円違ったところで大差ないかと。
50円増やしたことで全部込みの金額が800円台から900円台になるというなら気になるかもしれないです。

というかこれだけ高めの印象を受ける…というコメントがある中で、それでも500円にはしたくないということならもう600円でいいんじゃないでしょうか。

注意書きは必要ないと思います。購入するか判断する際に梱包費を気にして買わないと思います。
単純に絵や話の題材が600円出すに値するかどうかだけです。送料・梱包費は考えません。

これからも活動する予定なら、在庫を抱えること見越して価格設定するのではなく、全部売れたら元を取れるくらいにして、売る努力をするほうが賢明かと…
貴方がもっと上手くなってもっと魅力的な作品を作って界隈の人口を増やせば、既刊であろうとも売れるはずです。

オンデマ表紙ならPPを貼るのは自己満足装丁ではないです。
PP貼りにするか安めの特殊紙を使うのはオンデマの最低限の装丁ですね。
ただ、フェイクありとはいえオンデマ＆早割MAX＆40Pという
送料込み7000～10000円以内で済む仕様なのに相場価格にそこまで難色を示すって
分不相応なお高い印刷所を自己満足で使っていそうだなと思います。

本体＆梱包代で600(550)円と注意書きしても良いとは思いますけど、ちゃんと梱包します？
梱包代としてお金を取る以上、OPP袋+厚紙程度の簡易梱包ではなく
梱包材(クッション封筒や硬質カードケース等)でのしっかりした梱包になっている事を買い手側は期待しますよ。
その場合梱包費に60～100円程度かかりますが、大丈夫ですか？
相場より高い金額設定にする為の魔法の言葉として「梱包材込み」と書くのはやめた方がいいです。

その程度の価格差が問題になるものでしょうか…。
私は基本書き手で、あまり買い手に回ることはありませんが(書くのに忙しくてほとんど読む時間が取れないためです)、内容が値段に見合わなければというのは100円の問題ではないと思います。600円の値段に見合わない本が500円の値段には見合うから次も買おう、なんて考える人がいるでしょうか？　600円で納得できない本なら、500円でも高いのではありませんか？　私は欲しければいくらでも買います。金額は気にしません。ウン万円というのならまだしも…。
印刷所は様々、プランも事情も様々です。ジャンル内での平均価格はたしかに気にした方がいいのかもしれませんが、実際にかかった金額で計算した結果、600円でないと困るのであれば、それは仕方がないと思います。在庫を抱える覚悟で刷るというのもスペースや本業にある程度恵まれていて初めて言えることだと思います。
自分はこうしました、というお話は実例として参考になる一方、こうした事情を考慮していないので全く参考にならない部分があります。自身のご状況を最優先にされるのがいいと思います。

3日前の時点で「今日中に決めたい」とのことなのでトピ主さんもう見ておられないかと思いますが、個人的にはそこまでお金にこだわるなら安い印刷所さん使えばいいのに…と思ってしまいました。
オンデマだったらA5サイズ40Pで10部刷って1部あたりの単価が400〜500円で収まるところ結構ありません？
同人だから赤字覚悟でしろとは思わないですが、6割で回収できる価格設定ってどうなんだろう？と思ってしまいました。
大手の方が界隈の相場に合わせた結果そうなってしまう分にはどうとも思いませんが、そうでない方が6割で回収するために最初から価格を上げるというのは私だったらしないな…。オンラインのイベントならなおさら。
長く続けたいとおっしゃるのであれば安く済む印刷所さんを利用すればいいだけでは？

とはいえ結局のところ同人誌の価格設定に関しては売り手の自由だと思いますし、その価格を見て買うか買わないか、高いか安いかを考えるのは買い手の自由だと思いますので好きにすればいいとは思います。