二次ではなく、一次小説なのですが予告なしで作品削除→少し後に再録本として販売
……というのを経験した事があります。

正直に言っちゃうと、物凄くショックでした。
当時18は超えていましたが地方在住の学生で、イベント参加も前々月くらいから計画を立ててお金を貯めて…という生活だったので、イベント参加告知から開催日まで日数が少ない＆一次という事で他に欲しい本もないイベントに数万かけての遠征はできず、諦めました。
10年以上前の事なのに、未だにショックだったのをよく覚えているし、今もたまに中古ショップを探しています。

＞相手がたとえ好きな字書きさんでも、やはりモヤモヤしてしまうものでしょうか。
という問いに関しての私の答えは「ただただショックでした」です。
webの作品は消える可能性があるとわかっていたのに保存してなかった事や、買いに行ける環境ではなかった事が悔しかったけど、その作家さんに対しての悪感情は当時も今も一切ないです。

とはいえ、今はBoothのように少部数でも気軽に通販できるサイトがありますし、支払い方法も充実しているので、買おうと思えば当時の私と同じ環境の人でも買えると思います。なので面倒かもしれませんが、通販も考えて頂けたら嬉しいです。
好きな作家さんだったら消えたと思ったのにまた読めるー！って嬉しいと思います。

◯ixivの二次元自ジャンルでは三割くらい再録でした。
再録＋書き下ろしの方も、再録加筆修正の方も色々です。
web作品を消すかサンプルとして残すか、または期間限定掲載かずっと残すかは人それぞれでした。
ただ、いずれも「再録する」「いつ消す」「残す」と記載がある場合ばかりだった気がします。
突然非公開だと心の準備ができない分衝撃が大きいでしょうし、そのモヤモヤを自分の中で処理できるかは本当に色々な人がいると思います。
私ならまた読めて嬉しいですが、非公開当時のショックが頭の中にちらついて手離しで喜べるかは…うーん、想像したら嬉しいが9割、ショックを反芻したくないけど思い出してしまうが1割…かもしれません。想像ですみませんが。