同人印刷所ではノンブルを必ずつけてくださいと言っている印刷所さんもあります、その場合はみなさん基本的につけていると思うので、読者から見えないところにつけている（隠しノンブル）でしょう。
必ずつけてくださいと明記されていない印刷所もありますが、印刷工程での面付けミスを防ぐためつけることをおすすめします。
通しノンブルがあると面付け確認が容易になるからです。
支部の同人再録では見当たらなかったということですが、Web再録でも印刷同様ノンブルがある再録もあります。
主さんが見た作品はノンブルがなかったか、再録時にノンブルのレイヤーを消して出力しているのかもしれませんね……。
とりあえず正確な印刷作業のためにノンブルは全ページにつけることをおすすめします。
（印刷所側からするとあると無いでは本当に違うので）

参考に過去トピどうぞ。
　なぜノンブルを隠すのでしょうか？？
　https://cremu.jp/topics/8568

そもそもノンブルとは印刷所が印刷して製本する際にページの順番を間違えないように区別するためのもので厳密にはページ番号とは異なります。
本文１ページ目のノンブル番号が３から始まるのはそういう理由です。

どうせ数字を振るならページ番号っぽく表示しようという人はノンブルを隠さない。
ページ番号とノンブル番号がズレてるのが気になるような人はノンブルを隠す。
概ね、そんな感じです。

クリスタの場合ですが、テキストレイヤーは位置情報もそのままclipファイルをまたいでコピペすることが出来ます。
貼り付けた後は中の数字を変えるだけ、フォントも自由に変えられます。
私も本のテイストにあったページを振る際は、ノンブルではなくこのように自力でページ番号を振りました。

クリスタExのような漫画作成ソフトを使った場合、書き出し時にノンブルの表示・非表示が選択できます。
なので、印刷所への入稿形式(psd)で保存する時はノンブル表示で書き出して
webでの再録用の形式(jpgやpng)で保存する時はノンブル非表示で書き出している人が多いです。
つまり入稿用の原稿とweb再録用の原稿はそれぞれ別に書き出しているんです。別物です。
なのでノンブルの位置を参考にするなら、web再録ではなくて同人誌実物を見た方が良いです。

漫画だと絵やセリフの邪魔にならないようノド側の隠れる位置にノンブルを付ける隠しノンブルの方が多いです。ノンブル自体は印刷所でのミスを防ぐ目的があるので、つけた方が良いです。

以前印刷所の中のひとの仕事をやっていたものです。

通常はノンブルか隠しノンブルか２択です。
裁ち切り線より外にはつけないほうが普通です。位置や内容については丸正インキさんがわかりやすいので参照していただければ↓
https://www.marusho-ink.co.jp/howto/kakushi.html
主さんの使いたい印刷会社がどこかわかりませんが、通常は裁ち切り線より外だと意味がないので
裁ち切り線より外ってことはあまりないのでは……もしかしてアナログ原稿のことでしょうか？
ノドの部分に入れるので刷り上がった時にはノリがつく部分になり、開けても見えません。
こちらがおおよその業界ルールなので丸正インキさんのようにノンブル見せたいときには通常の位置に入れ、
そうでない場合は隠しノンブルを入れると安心です。

一番目にコメント入れているコメ主さんと同様の理由で、これは面付けミス（印刷する時にページを配置する作業）
を防ぐためです。
一連のページが繋がっていると流し込むだけでいいのですが、お客様によってはファイルが多数分断されていたり、
出力ソフトがそれぞれ違ったり等で複数ファイルから面付けすることもあるからです。
印刷所では内容の繋がり等はチェックしないので
（その漫画なり小説なりの中身をチェックはしない、明らかなミスは気づけば連絡しますが）
ノンブル通りに配置し出力する、ということがメインです。
なので白紙ページにもノンブルは必要です。
主さんの使いたい印刷所さんがどこかはわかりませんが、
無いよりは絶対にあったほうが良いので、全ページノンブル入れることをおすすめします。
追記ですが遊び紙入れるときはそれを抜いた本文のみのページ数でカウントします。

同人の場合は表１（表紙）が１ページ、表２（裏表紙）が２ページとカウントする方が多く、
本文はおおよそ３ページから始まることが多いですね。
＊このあたりは作者本人に任されているので本文を１ページにする方も居ます。その場合は本文はじまりが１〜とか、
　３〜、とか印刷会社によっては明記してくださいと書いてあるところも
　（↑これもミスを防ぐためです）

このカウントだと表紙裏表紙あわせたページ数＝印刷ページ数　と同じになります。

印刷会社的にはミスはやはりあってはいけないのですが、そもそも
・中途に白紙のページをはさんでいる等のトラップ
・そもそもお客さんがファイル名つけ間違い（３ページから５ページのデータなのに、4-5.pdfという名前になってる）
などお客さん側でもミスされてる時あるので、ノンブルは大切だよと……。
大量のデータを次々に処理しますので印刷所側でもチェックできかねることはあります。
（そもそも同人印刷の場合は完全データで入稿してください、チェックはしませんと明記していることが多いです）

長々かきましたが結論としては
「ノンブルつけてください〜！印刷会社的には絶対あったほうがいい！
頼む！頼むからっ！あなたの本を綺麗に正確に印刷するためにもっっ！！！！」

ってことです。ご参考になれば。

そして同人誌の中身完成おめでとうございます！
あとは印刷ということだと思いますのでよき入稿を〜！