本当に泣いた場合もあるし誇張表現(うるっと来た程度)の場合もあります
「泣いた」という言葉にあまり拘らず、ただ褒められたと解釈して返信するのがいいです

書き手&読み手です。
結構誇張表現の範疇で使ってしまいますね〜。でも実際泣かないとしても、数日は引きずるくらい印象的な作品にそういう感想をしています。
あと先日本当にぼろぼろ泣いた作品と出会いまして、あぁ読んで泣くってリアルにあるんだな…と痛感しました。なので本当に泣いてる人もいるのではないかと、人によるのではないかと思います。
書き手としても泣きましたという感想をよく頂きますが、普通に泣く云々には触れずに感謝の意だけ返しています。

シリアスものが好きで自分でも頻繁に書きます。
自作を読み返しても泣けた試しはなく、そんなに積極的に泣ける話にしようと思って書いたことはないのですが、泣きましたと言っていただけることがちょくちょくあります。感想の雰囲気からしてもおそらく本当に泣いたんだなという感じです。
そういうときは「○○さんを泣かせてしまった！(汗とか絵文字とかつける)でもこんなに感情移入していただけたのすごく嬉しいです」とか「感じ入ってくださってありがとうございます」みたいなこと書いてます。

声を上げて泣くとかはありません(日常でもない)が、目がうるんで何度もティッシュを当て、何度も鼻をかむくらいはあります。
返信については上の方に同意。あなたの作品で泣くほど心を動かされました、そこまで感情を動かす作品が素晴らしいですという意味なので、泣いたに触れても触れなくてもいいです。
個人的には泣いてくれてありがとうでもいいんですが、泣いていただくほど感じいってくださりありがとうと返信をいただいたことがあります。

作品で号泣するタイプなので、誇張でもなんでもなくそういう表現になります。ただ大げさには言わないですが。
あと、その手のご感想を頂いた場合は「何かしら感じ取って頂けて嬉しいです！」と返しますかね。

映画や一般の小説でも号泣するタイプなのですが、同人誌も同様です。
こちらは感動したくて物語に接しているため、「泣いてしまいました」は自分にとって非常に心を打たれたという称賛、感謝の言葉です。おたく特有の「泣きました！！！」も人によっては使うかもしれないですが、私自身はあまりに嘘っぽいので本当に感動して泣いた時以外に言ったことはありません。

返答は「そう感じていただけて嬉しいです」などで良いと思います。

書き手ですがうるっとくる程度です
声出して泣いた！とかティッシュ一箱分泣いたは誇張表現だと思いますが、ただ「泣いた」だけなら本当に泣いたんだろうなーと思うことにしてます

返信は「楽しんで頂けて嬉しいです」とか「最後まで読んでくれてありがとうございます」と返してます
泣いた事実は特に触れず、読んでくれたことのみにお礼を言う感じです