①原作の流れに沿ってストーリーがいくつも進んでいく事は問題ないか
→問題ないと思います。私はがっつりやっちゃってます。
解釈隙間埋めってそもそも原作の流れから派生する解釈なので、その前提がないと物語として成立しない気がします。
解釈本の醍醐味だと思うのでそこはあまり気にしなくても良いんじゃないでしょうか。
と言ってもそのままかというとそうでもなく、あくまでこの時系列この話の後ということがわかるように最低限の描写を入れるだけに留めてます。その方が「あ、ここの深堀りか…！」と見てくださる方にも伝わりやすいと思うので。

②原作シーンと同じ描写があっても問題ないか
→仰る通り、カメラワークを変える等のちょっとした一手間を加えた方が良いと思います。完全トレスというわけでもなく、でもその描写を見たら間違いなく「ここだ！」と分かる程度に…でも個人的に原作の特に心に残るシーンなら、敢えて構図を被らせても良いんじゃないかなーと思うのですが…どうだろう…
プロが描かれてる漫画を拝見しても、「あれ、このアングルは…。この構図は…。」ってなるシーンありませんか？
割と参考にされてる方もいらっしゃると思うので、ここも塩梅によると思います。

間違ってたら申し訳ないですが、参考までに…

二次創作や同人独自の解釈、ルールではなく著作権的な観点からコメントします。
①➁ともに問題があると思います。
二次創作は翻案（翻案権の侵害）可能性があると言われています。詳しくはウィキペディアの翻案権の項目を見てください。
翻案権の侵害とならないためには著作物（原作）のアイデアを用いるとしても、新たな著作物を生み出すことが必要になります。しかしながら、トピ主さんの表現されようとしている方法は①➁ともに原作が元々持つ創作的なストーリーや表現の翻案に当たる可能性が非常に高いと思います。つまり、トピ文を拝見するに漫画原作→漫画と推察しますが、（確定事項でなく、あくまで可能性ですが）映画化やノベライズなどのガッツリ原作者の許可が必要になるタイプの創作物になりえます。
コマ単位であれば、要件を満たせば引用が成立しますが、ストーリーも原作同様の流れの場合トピ主さんの創作（オリジナリティ）と言えるかは難しい問題のように思います。
また、創作性に関係なく、同一性保持権（著作物を意図しない改変をされない権利）の侵害に当たる可能性もあります。

とはいえ、男性向けなどではガイドラインなど、原作者の意図しない表現も見て見ぬ振りをされるジャンルもあるようですので、二次創作・同人の慣例ではグレーゾーンとしてお目溢しされる可能性も十分ありえます。
あくまで法律的な観点で、厳しい意見で申し訳ありませんが、イラストで色を変えつつも構成等そのままトレパクするような、著作権的には曖昧でもマナーとしてヤバい、みたいな印象です。

原作沿い、しかも原作に沿った推し解釈本とか絶対欲しいし読みたいです。自界隈もパロが多く原作沿いに飢えているので。

①②どちらも大丈夫では？ そういった作品は複数お見かけしますし書きます。
少なくとも当方のジャンルではどちらもOKです。
①は時系列が原作沿いなだけで、ストーリー展開や心情描写などをカプ解釈で表現する
②は、原作のとある場面とセリフを元に、ポーズなど新しく描き起こす
ですよね。

引用を越えるほどに使用したり、文章そのままはNGですが、二次創作で設定やセリフを使う程度ならジャンル次第ですが問題ないはずです。
(但し、もし相当厳密なガイドラインが設けられており、二次創作NGや引用NGなら避けた方が無難です)

設定もセリフも使えないとかそんな二次創作パロ以外描けなくなってしまいます。著作権的にはグレーな部分ですが、それを言ったらもうほとんどの二次創作がNGになってしまうので…

コメントありがとうございました。
補足すると、原作ストーリーそのものの、キャラの言動をひとつひとつ丁寧にさらっていくというよりも、流れが同じ(時系列の流れが同じ)ような気持ちでいます。
このキャラ視点でまとめるとこの流れかな、という形です。それに沿って心情や、その行動の裏付け妄想を独自で展開していく形を考えています。

自界隈は特に二次創作のガイドライン等は設けられていません。
ただ二次創作であることは間違いないので、②の印象的なシーンなど含め過度な引用にならないようオリジナリティの配慮をしつつ(コメントいただいている通り、トレスなどはせず自分で描き起こす形です)、1度ネームができた段階で見直してみようと思います。ありがとうございました。