私は事務ページのノンブル嫌です…！なのでノンブルなしOKの印刷所を使っています。
ただやりたい装丁ができないのは辛いですね。……でも私ならノンブルなしを優先しちゃいます。

隠しノンブル（ノド側の立ち切り線の内側ギリギリのところにノンブルを打つ方法です。ノドを思いっきり開かない限りは見えないので、隠しノンブルといいます）にするんじゃダメですか？
ノンブル必須の印刷所でも隠しノンブルで駄目ってことはないと思うので、それで解決すると思います。

折本で隠しノンブル使えないなら御免なさい。

し○やさんかな？
奥付と扉には入れてないです。それ以外にも中でいらないと思ったページ（挿絵など）には入れてないですね。
ダサくなるなぁと思ってしまうので。
pdfで1〜最終ページまでまとめて入稿してしまえば、印刷所でよっぽどおかしなオペレーションをしない限り、順番は入れ替わらないんじゃないかなぁと思ってますが、まぁこっちの勝手なだろう判断ですからね…。
もちろん、一番はノンブルなしで入稿可なところを使うことだと思います。
満足行く本を作りたいですよね。