2のやり方にてメインで使用する濃度をレイヤーごとに分けてます。そうすればペンの色を変えずにそのまま濡れるので。
また、グラデトーンを使わずに消しグラデーションを使えばレイヤーを増やさずにグラデで濡れますよ

2でやってレイヤープロパティでレイヤーごとに線数変えてます。
トーンの上にトーンを重ねる時は線数同じにしないとモアレが起きるのでレイヤー管理が少し面倒ですが…。
モアレを考えるのが面倒なので、最近はトーンの上にカケアミ系ブラシで重ねたりしてます。

2の方法です。
線画レイヤー・ベタレイヤーの上に乗算フォルダを作成し、原則として固有色レイヤー（通常）→陰影レイヤー（乗算）の順に重ねます。最後にフォルダごとトーン化します。

①です

・トーンを重ねたい場合はどうやっていますか？重ねたトーンをずらす方法だとずらし方によって見かけの濃さが変わるのが難しく、上手く重ねられません。
X軸に15ほどずらしています

・グラデーショントーンをこの方法で使うと貼る箇所の数だけレイヤーができますが、ラスタライズしてまとめる等していますか？
後で編集することもあるのでラスタライズはしません

web用はグレスケで上げるので②です。
パーツごとにグレーで塗り、乗算レイヤーで陰影をつけ、これらをまとめたフォルダをトーン化してます。グラデツールは苦手なのでエアブラシを透明色にして消してます。
もともとイラストメインだったのでこの方法で落ち着きました。

私も気になっていたので参考にさせていただきます！エアブラシでグラデを表現するのは楽そうで良いですね。

私も②で、クリスタのグレスケパレットを使ってトーンを塗っています。
・線数が違う、グラデ、特殊なトーンは別レイヤーで管理。レイヤー数少なく済むのが気に入ってます。線数が違う場合は線数が違うレイヤーを用意orスルスル塗れるトーンブラシで横着が今のところのパターンです。

トピ主です。皆さん回答ありがとうございます！
グレスケから変換派が圧倒的に多くて驚きましたが、とても参考になります。
同じグレスケ変換派でも、そのままグレーで塗るか、レイヤーの不透明度をいじるかなどの違いもあるんですね。グラデの作り方は特に悩んでいたので助かりました。
細かいところまで考えると本当に人それぞれやり方があるんですね……。回答を参考にして私も色々な方法を試してみようと思います。

よかったら他の方のやり方も聞きたいので、どんどん書き込んでいただけると嬉しいです。

① です。
マスク範囲の表示機能使わないと綺麗にトーン貼れません…。
重ねる余裕がある時はx軸を7ずらしてます。
グラデはコマごとにグルーブ分けて管理。
入稿不備とかあったら嫌なのでラスタライズしません。